Sonic Hedge基因在动物个体发育过程中起到形态发生素的作用,在多种器官和组织形成中发挥效用,如大脑,脊髓,丘脑,肢芽,上皮组织等,目前研究已经表明,在不同的组织中shh(Sonic Hedgehog)基因的表达是由不同的增强子序列调节起作用的。在肢芽中,shh的表达受到距离其上游1Mb远的一段保守序列ZRS (ZPA regulatory sequence)的调节,而当该序列内部出现点突变时,shh在肢芽部分的表达会发生变化,从而导致轴前多指畸形(PPD)这种严重遗传病的出现。ZRS序列本身非常保守,在人、小鼠、大鼠、鸡、河豚中,目前已经有报道10个以上的点突变会引发肢芽部分的发育异常。本实验从病人样本的基因组中筛选到了一个没有被报道过的点突变(3C>G),PCR扩增了两种长度的含有点突变的DNA序列,并通过使用荧光素酶报告基因活性检测系统,在HEK-293A细胞中,发现具有点突变的ZRS序列和野生型的ZRS序列均具有增强子活性,而且活性是突变型的高于野生型的序列。对于这个突变体的生物信息学分析发现,该点突变可能会改变这段增强子序列的转录因子结合位点,因此使Shh基因的表达出现了异常。接下来,采用了生物素标记的DNA蛋白质沉淀(DAPA)的方法,将使用生物素标记的引物对ZRS序列进行PCR扩增,得到的产物同核蛋白孵育,经SDS-PAGE检测后,发现生物素标记的ZRS序列特异性的捕获了蛋白质,证明DAPA可以做为研究DNA和蛋白质相互作用的一种方法,辅以生物信息学分析推测为FOX03a。这就为初步解释Sonic Hedgehog基因远距离增强子如何跨越1Mb的DNA序列Sonic Hedgehog基因的表达产生影响提供了解决方向和一定的基础。