基于16S rRNA高通量测序分析非哺乳期乳腺炎组织菌群

来源 :南昌大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jjy2005
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:探究非哺乳期乳腺炎(non-puerperal mastitis,NPM)患者乳腺病变组织的菌群分布种类、数量以及可能的细菌致病通路,为临床针对性抗菌药物的治疗提供理论依据。对象和方法:1.研究对象:筛选2019年1月-2019年12月在南昌大学第一附属医院乳腺外科住院部就诊的经组织病理学确诊非哺乳期乳腺炎患者10例作为NPM组,乳腺良性肿瘤患者8例作为对照组。2.研究方法:收集NPM患者乳腺病变组织及乳腺良性肿瘤患者瘤旁正常组织,提取组织菌群DNA,聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增后行16S核糖体RNA(16S ribosomalRNA,16S rRNA)测序。系统分析NPM患者炎症组织菌群的特征,比较NPM组与对照组的差异,对其可能参与疾病的发生发展机制进行研究。结果:1、物种组成情况:我们共获得959684个高质量的基因序列。将基因序列比对GREENGENES数据库后一共得到8090个OTU,其中NPM组为3696个OUT,对照组OTU数为2836个,两组重叠的OTU数为1558个。2、物种差异性分析:分析显示两组差异性较大,有21个属菌种的丰度差异有统计学意义,如:异常球菌属(Deinococcus)、细杆菌属(Microbacterium)、土壤球菌属(Agrococcus)、醋杆菌属(Acetobacter)、硝化螺菌属(Nitrospira)、短状杆菌属(Brachybacterium)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、沃氏菌属(Wautersiella)、贪嗜菌属(Variovorax)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、Turicibacter、放线菌属(Actinomyces)、短杆菌属(Brevibacterium)、奈瑟菌属(Neisseria)、新属(Ethanoligenens)、梭菌属(Clostridium)、肉食杆菌属(Carnobacterium)、微球菌属(Micrococcus)、Sediminibacterium、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)。3、物种多样性分析:物种的α多样性分析中,simpson指数(P=0.034),chao1指数(P=0.083)、faith_pd指数(P=0.360)、observed_otu指数(P=0.083)、shannon指数(P=0.101),菌群的β多样性分析显示两组之间不存在差异性。4、样本微生物组成功能预测分析发现测序得到的936143个基因被富集到330条京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路中。这些微生物的功能基因在主要参与新陈代谢、生物体系统、细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理以及人类疾病六大类。组间微生物群落预测功能在组间有24个通路具有显著性差异,比如:细胞过程-细胞活性-细菌运动性蛋白质(Cellular Processes-Cell Motility-Bacterial motility proteins);环境信息处理-膜运输-转运蛋白(Environmental Information Processing-Membrane Transport-Transporters);非保密-细胞处理和信号-细胞分裂(Unclassified-Cellular Processes and Signaling-Cell division);细胞过程-细胞生长和死亡-细胞凋亡(Cellular Processes-Cell Growth and Death-Apoptosis);细胞过程-运输和分解代谢-内吞作用(Cellular Processes-Transport and Catabolism-Endocytosis);人类疾病-感染性疾病-致病性大肠杆菌感染(Human Diseases-Infectious DiseasesPathogenic Escherichia coli infection);新成代谢-脂质代谢-不饱和脂肪酸代谢(Metabolism-Lipid Metabolism-Biosynthesis of unsaturated fatty acids);新陈代谢-碳水化合物代谢-果糖和甘露糖代谢(Metabolism-Carbohydrate MetabolismFructose and mannose metabolism)等通路。结论:1、在NPM患者的病变组织和乳腺良性肿瘤患者的瘤旁正常组织的菌群结构及种类存在明显差异;结构:NPM组组织的菌群结构单一、多样性差可能预示菌群失调,这或许是致病的一个因素。种类:某些菌群的差异,比如丙酸杆菌、大芬戈尔菌等在NPM患者组织中表达远高于对照组,这些可能与NPM致病相关。2、生物群落预测功能在组间差异性分析发现脂质代谢异常、免疫系统-Fc-γ介导的吞噬作用可能与NPM的发病相关,具体机制有待进一步的研究。3、通过NPM的病变组织进行16S rRNA高通量测序分析是一种高效的多维度对组织微生物群落分布的精确定量的检测手段。
其他文献
近些年,伴随着我国旅游业的快速发展,生态环境保护与旅游业发展的矛盾关系也日渐凸显,为了更好的解决两者之间的矛盾问题,促进生态环境保护和旅游业的可持续发展,我国在传统自然保护地体系下提出了国家公园发展模式,引起了社会各界的广泛关注和研究。2019年6月,中共中央办公厅、国务院办公厅印发了《关于建立以国家公园为主体的自然保护地体系的指导意见》,提出了国家公园发展的新理念、新目标、新任务、新规定。随后,
学位
一、案例背景(一)服务对象基本情况姓名:严某年龄:62岁性别:女职业:已退休(二)服务对象家庭背景严某,退休老人,与老伴儿一起住在儿子家。老伴儿已退休,两人的退休金每月共有两千多。儿媳与儿子的工资并不高,再加上两人正在买房,每月要交将近两千元的房贷,于是儿媳一人打几份工,无暇照顾家里。儿媳对两位老
会议
本文基于事件系统理论,以钉钉数字化创新成长为纵向案例研究,深入探索平台企业数字创新能力塑造的过程机理,并揭示数字创新模式、合作意愿、迭代创新对该形成过程的作用及影响。研究发现:事件的相关属性会影响平台企业的数字创新模式支配地位,被动型事件迫使企业采取重组式创新扫描与吸收数字创新机会的同时,也促使企业采取分布式创新创造主动型事件提升数字资源利用和探索能力;网络效应下的合作意愿一定程度影响数字创新模式
目的:糖尿病肾病(Diabetic kidney disease,DKD)是糖尿病的慢性并发症之一,是一种较为常见的疾病,也是导致终末期肾病的主要原因,严重影响糖尿病患者的生存质量。目前研究表明除了糖脂代谢紊乱及肾脏血流动力学异常外,慢性炎症也参与了糖尿病肾病的发展过程。内毒素,又称脂多糖(Lipopolysaccharides,LPS)是革兰氏阴性杆菌最外层的结构,正常情况下,肠道菌群产生的内毒
“跨媒介”这一诞生于传播学的概念,在新时代互联网发展的推动下已然扩展至包括教育在内的社会各个领域,媒介融合趋势不容小觑,对跨媒介策略的运用也愈发广泛。在语文学科中,2017年版《普通高中语文课程标准》(以下统称“新课标”)正式提出“跨媒介”概念,并在课程内容中设置了与之对应的“跨媒介阅读与交流”学习任务群。但是语文学界对“跨媒介”的研究,大凡集中于对“跨媒介阅读与交流学习任务群”整体性的研究范畴,
语文是高考的重要组成部分,语文试卷中现代文阅读更是占据重要地位。而文学类文本又是高考语文现代文阅读部分不容忽视的重要内容。文学类文本阅读试题主要想考查学生的四种能力层级,分别是:理解能力、综合分析能力、鉴赏与评价能力和探究能力。而笔者研究高考语文文学类文本试题既具有理论意义,又能对未来试题的发展和教学有一定裨益。本论文将从以下几个方面对文学类文本试题进行细致深入的研究。绪论部分:综述高考语文文学类
AGO2也被称为EIF2C2,是Argonaute蛋白质家族中的一员。AGO2是RISC的核心组成部分,可以通过si RNA或者mi RNA介导的基因沉默降解靶m RNA。AGO2还可以在翻译水平上抑制基因的表达。AGO2在mi RNA的生物发生中扮演着重要的角色。在细胞核中发现了AGO2的存在,并且在染色质的异染色质化,基因的可变剪接以及DNA双链损伤的同源重组修复中发挥作用。我们通过使用AGO