中国水资源赋存稀缺性与其需求无限性之间的冲突决定了水权交易制度存在的合理性。作为交易双方共同遵守的一套规则，水权交易制度的选择在于减少或降低双方的交易成本，这既是水资源合理配置对水权制度的内在要求，也是水权制度存在的必然外在表现。本文基于水资源的公共性和经济性，以制度变迁与创新作为研究视角，将水权制度置于一个动态的过程中，考察水权制度变迁的原因、动力、形式、方向等，明确提出中国水权制度变迁将是一个从无到有，从政府行政许可到行政登记，从不可交易到可交易，从管理交易到市场交易的不断渐进的动态过程。 制度变迁理论、产权理论和国家理论是分析水权制度演变和不断创新的理论基础。水权作为一种制度，特别是一种法律制度，其存在是为了推进经济增长和社会发展。水权因水资源的短缺而产生，因水资源短缺加剧而变迁。人类对水资源的消费初始并不存在水权，只是随着人类社会的发展，在水资源从丰沛到短缺及水资源显现经济商品秉性的过程中水权才得以存在与变迁。 世界各国适用了各不相同但符合本国实际的水权制度，但是大多数国家普遍适用的还是优先权制度。与其他水权制度相比较，优先权制度因其具备排他性、让与性、可执行性，不但能兼顾各方用水的利益和需要，而且能很便捷的进行水权的初始配置，进而可以建立水权市场，使弥足珍贵的水资源流向最需要之处。但是，优先权制度对水权的转让和交易进行限制，降低了可让渡的程度，降低了使边际净收益相等的市场压力，带来水资源开发利用的无效率，也存在进一步市场化的趋势和演进的客观必然性。这为中国设置水权制度提供了经验与教训。 中国现有的水权制度是一种政府配置水资源的共有产权制度安排。虽然十几年来实施的一系列管理制度使水权的排他性有所提高，但是水权的外部性还较高，水权行使效率还较低，也就是我们目前所说的“水权模糊”现象还很严重。目前中国水权交易制度停留在“管理型交易”，而不是“买卖型交易”，制度交易的主角是政府而非用户。水权交易制度尚处于建设或培育期，预期的制度绩效并没有显现出来，存在进一步创新的客观必然性。 借鉴国外水权制度变迁的经验，并根据现有水权制度的缺陷，做出水权制度创新的制度选择。在明晰水权内涵、分析需求结构、进行初始分配的基础上，应当逐步转变政府在资源配置中的主导作用，使政府退出资源配置领域，有效地运用政府职能对水事进行管制，主要依靠市场进行资源的交易和转让，使水权成为相对独立的一种私人产权，可以在市场上自由流通，从而最大程度的克服共有产权的缺陷，将其外部性最大限度地内部化，以达到资源的优化配置和有效利用。具体而言，可通过运用法律保护其稳定性，消除初始权利不稳定所造成的外部性，避免公权力对水权的不适当干预:废除“不用则丧失水权的原则”。允许使用者将节约下来的水出售以获取其价值，把水从免费物品转化为有价值的商品，鼓励水的节约并使其流向有更高使用价值的用途;为充分保证使用中的节约，消费者必须支付供给最后一单位水所带来的边际成本，实行累进定价制度:为解决水资源预留不足或预留水资源不能满足环境需要等问题，政府可用赎买的方式从使用者手中将部分用水许可权购回或实行用水许可权份额的百分比法:为有效实现资源的效益和价值，要增大经济主体向水事工程的资本投资。 综上，本文借助经济学和制度经济学的有关理论和方法分析水权这一法律问题，运用制度变迁理论考察水权制度演变的客观必然性，运用产权理论和国家理论考察水权制度变迁的过程复杂性和多样性，运用成本收益法分析制度变迁发生的现实可能性，并明确提出改变政府对资源的配置，实行水权的市场交易和转让，通过市场实现水资源的优化配置和有效利用，以期对实践有所裨益。