本文首先对高新技术企业和产学研合作的概念进行了界定,在国内外产学研合作研究现状综述和制度创新与技术创新的辨证关系基础上,提出要构建基于利益相关者的高新技术企业产学研合作制度,具体分析了产学研合作制度的内涵和产生、特点及运行机制等理论问题,认为由于利益相关者的存在导致了产学研合作制度的产生,这种制度具有主体多样性、动态性和分工性等特点,其运行以交易为基础。基于这种理论思路,首先,本文以宁波市高新技术企业为实证研究对象,对高新技术企业产学研合作的利益相关者进行了界定和分类,认为企业研发人员和大学教师是产学研合作的两种关键利益相关者。其次在交易费用理论对产学研合作的解释基础上,本文认为,高新技术企业产学研合作在内部管理和市场信息不对称等方面存在交易费用,而如何降低这些交易费用正是产学研合作制度设计的思路来源。因此本文结合降低交易费用的对策建议甄选了三种产学研合作制度的子制度,包括高新技术企业研发人员激励机制、大学教师科研业绩考核制度和产学研合作模式等,采用定量结合定性的研究方法,得出以下几点结论:一、加强对研发人员的激励,构建人力资本收入多元化制度,并要做到三种文化,以发挥非正式制度的作用;二、完善对大学教师的考核,构建和企业相结合的大学教师科研业绩考核制度,主要是建立对横向课题的合理评价机制和纵向课题科研成果转化机制;三、选择适宜的合作伙伴,发展稳定的合作模式。