特许经营是复制成功模式的经营手段。在特许人和受许人力量的联合下能够创建强大的财富经营网络。商业秘密是知识产权中的一种，在特许经营过程中发挥着体现核心竞争优势的作用。因此，对于它的保护在特许经营过程中变得越来越重要，这直接关系到特许经营活动的存亡。一方面存在有效控制商业秘密在特许经营体系许可使用的问题；另一方面存在着不同的法律制度对商业秘密保护带来的影响。为了解决上述问题，合同就在整个特许经营过程中对于商业秘密的保护起着至关重要的作用，保证了特许经营良性发展的目的。本文以商业秘密保护合同为视角，从我国立法现状、司法案例出发，结合外国在特许经营商业秘密保护方面的立法和判例观点，着重探讨在特许经营缔约、存续、终止阶段中利用商业秘密保护合同控制商业秘密在不同受许人之间的许可使用，防止商业秘密泄露的风险。全文除导言和结论之外，共分为四章，具体分述如下：第一章论述了特许经营的基本理论和特许经营中商业秘密保护合同重要性。分为两个方面来论述，一方面厘清了特许经营的概念、特点以及分类，阐述了特许经营资源的商业秘密属性及其许可使用方式，为下文的进一步论述打好理论的铺垫和立意的基础；另一方面，明确在特许经营整个阶段中利用合同保护商业秘密的重要性，并分别从特许经营各个阶段融入相对应的商业秘密保护合同的保护方式，进行结构上的设计。接下来第二章至第四章是按照时间顺序将特许经营划分为三个阶段，这也是本文的重点环节。第二章为特许经营缔约阶段。首先，在特许经营缔约阶段中存在着重要的初始信息披露制度。特别从我国立法现状和国外立法比较出发分析了对于商业秘密保护存在着初始信息披露义务主体、初始信息披露时间/时机、初始信息披露内容和初始信息披露形式四个影响因素；其次，采用上述相同的论述方式分析了冷静期制度对于商业秘密保护所带来的特许经营合同效力不确定、冷静期合理期限和实际利用经营资源三个影响因素；最后，再次以上述影响因素为切入点，提出以保密协议为基础，具体确定权利主体、保密时间/时机、保密范围和因披露方式而增加的特殊条款的内容。第三章为特许经营存续阶段。首先，探讨了后续信息披露制度对于商业秘密保护提出的挑战；再次，论述了受许人基于特许经营活动本地化改进或独立所形成的商业秘密权和特许人拥有相关于特许经营系统的商业秘密所引发的利益冲突；最后，提出在特许经营合同中设定保密条款、竞业禁止条款和回授条款消除上述制度和双方利益冲突对于商业秘密保护的影响。第四章为特许经营终止阶段。首先，分析了前受许人从特许经营体系中分离出来，但是如果前受许人还留存着以书面或者数字形式为载体的商业秘密，就极易产生商业秘密泄露的风险。其次，以合同型联营为比较对象论述了特许人和受许人之间的利益共同体瓦解，一旦商业秘密泄露或者产生泄露的风险不仅对特许人会产生不利的影响，还会对其他受许人的持续经营带来损失。同时，前受许人有可能驾轻就熟地利用所熟悉的商业秘密不受约束地追逐利益最大化。最后，针对上述影响提出以返还、销毁协议和竞业禁止协议的方式对商业秘密进行保护。