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本研究测定了彩石鳑皱、彩副鱊和广西副鱊的线粒体全基因组序列,并对其进行了注释与分析,以充实线粒体基因组数据库,联合Genbank中所收录的鳑皱亚科14种鱼类等线粒体全基因组数据,对鳑皱亚科鱼类线粒体基因组GC含量偏性、密码子偏性进行了分析,并以鳜鱼和餐鱼为外群构建了鳑皱亚科17种鱼类的系统发育树。本研究所得到的主要结果如下：(1)测定了彩石鳑皱、彩副鱊和广西副鱊的线粒体全基因组序列,三种鱼类的线粒体基因组均为环状双链,全长分别为16,677 bp、16,819 bp、16,563 bp。均含有2个核糖体RNA、22个转运RNA、13个蛋白质编码基因和1个D-loop区。基因排列顺利与其他大多数鲤科鱼类一致。(2)彩石鳑皱、彩副鱊和广西副鱊线粒体全基因组的碱基组成中,A+T含量分别为56.09%、56.98%和57.88%,明显高于GC含量。13个蛋白质编码基因的总碱基组成中,A+T碱基含量分别为56%、56.8%和58.1%；各蛋白质编码基因的碱基组成上,A+T含量明显高于G+C含量：均表现出AT碱基的偏性。(3)彩石鳑皱、彩副鱊和广西副鱊的13个蛋白质编码基因碱基总长度分别为11422bp、11422bp和11423bp;蛋白质编码基因的起始密码子使用方面,除COX1基因以GTG为起始密码子外,其余均以ATG为起始密码子；在终止密码子使用方面,彩石鳑皱ND1、COX1、ATP8、ATP6、ND4L、ND5和ND6以TAA作为终止密码子,ND4以TA作为终止密码子,其余以T为终止密码子。彩副鱊ND1、COX1、 ATP8、ATP6、ND4L和ND6以TAA作为终止密码子,ND5以TAG作为密码子；ND4以TA作为终止密码子,其余以T为终止密码子；广西副鱊ND1、COX1、ATP8、 ATP6、ND4L、ND5和ND6以TAA作为终止密码子,ND3和ND4以TA作为终止密码子,其余以T为终止密码子。(4)彩石鳑皱、彩副鱊和广西副鱊tRNA二级结构均属于典型的三叶草结构；D-Loop区长度分别为1015bp.1172bp和910bp。(5)对鳑皱亚科鱼类的核酸碱基组成、相对同义密码子使用度、有效密码子数进行分析,结果显示,鳑鲏亚科鱼类线粒体中,密码子NNA使用数量最多,密码子NNG使用最少；且鳑皱亚科鱼类线粒体密码子使用的这种偏性为较强的突变压力和较弱选择作用共同影响的结果。(6)基于rRNA & PCGs和PCGs序列进行系统发育分析,结果显示：①广西副鱊与大鳍鱊和须鱊的亲缘关系较近,彩石鳑皱与中华鳑皱和高体鳑皱亲缘关系较近。②高丽鱊、油鱊、韩鱊及细鱊与鳑皱属鱼类亲缘关系更近。