代建制作为解决政府投资项目，特别是非经营性政府投资项目在传统项目管理模式下所出现弊端的一种改革思路，在理论研究以及具体实践上都已经逐步触及一些关键的问题。代建项目运作模式就是其中的一个关键性问题，它所要解决的就是实施代建的政府投资项目在由政府投资人委托给代建人的过程中所应采取的有效激励与监管手段，以及委托代理双方在委托代建合同中的地位，具体的说，就是应采用何种项目管理模式。围绕以上问题，本文从以下几个方面展开讨论：(1)概括了代建项目运作模式的理论基础。在归纳整理代建制在实施中的基本要素后，对代建项目在运作中存在的契约关系进行了研究。政府投资人与代建人之间的契约关系是研究代建项目运作模式的重要基础，而委托代理理论是分析这一契约关系的基本工具。项目治理理论在整合内部治理与外部治理的基础上，能够更好的解决委托代理理论所遇到的问题。(2)分析了委托代建层次上的代建项目运作模式。由于委托代理理论所采用的假设前提并不适合代建项目所具有的公有产权属性，因而建立在委托代理关系分析基础上的激励机制的有效性也将受到一定限制。因此，需要引入新的理论范式解决这一问题，通过建立基于项目治理的有效激励以及有效监督机制，政府投资人能够比较好的实现对代建人的激励与监督。(3)讨论了代建项目的项目管理模式。国内代建制在实施中一般采用项目管理承包(PMC)与项目管理服务(PM)两种不同的项目管理模式。代建项目应采用何种项目管理模式需要综合考虑各方面的因素，由于PMC模式能够在比较大的程度上发挥代建人的能力，并使政府投资人能够将精力放在对代建项目的监管上，因此，这一模式是将来代建项目管理模式发展的趋势。(4)以某市的一个代建项目为例对前文讨论的代建项目运作模式进行验证分析，对该代建项目在运作中存在的不足进行了分析，并提出了相应的建议。