单分子力谱揭示白介素中超稳定α-螺旋结构

来源 :南京大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:gongwj123
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
蛋白质是生命中最重要的分子之一,几乎在所有的生命过程中都发挥着重要的功能。大部分蛋白质分子都具有较稳定的结构,可以抵御外界一定的负荷:例如与肌肉弹性相关的肌联蛋白,细胞外基质中维持细胞形状的纤连蛋白等,都具有重要的结构功能。单分子力谱(Singlemolecule forcespectroscopy,SMFS)是一种重要的力学操纵和测量工具,可以在水溶液中测量单个蛋白质分子的折叠稳定性。因为其优越的力学和长度精度,以原子力显微镜(Atomic force microscopy,AFM)为基础的单分子力谱被广泛应用到蛋白质结构稳定性的测量中。目前发现具有β-折叠的蛋白一般具有较强的机械稳定性,其蛋白解折叠力在数百皮牛范围。相反,以α-螺旋为主要结构的蛋白质分子,例如红细胞骨架中的血影蛋白(Spectrin)和联结细胞骨架蛋白网络的锚蛋白(Ankyrin)等,它们的机械稳定性都非常低,通常在AFM的检测限15 pN附近,甚至低于检测限。单分子力谱和分子动力学模拟研究都表明,“力钳”结构使得β-折叠蛋白在面对剪切力时表现出较强的机械稳定性。我们希望能找到机械稳定性较强的α-螺旋蛋白,用于设计具有稳定性和特殊性能的材料。蛋白质的折叠和稳定性主要依靠局部相互作用:如静电相互作用、氢键、疏水相互作用等。例如将稳定性较高的弹性蛋白GB1中疏水核心的关键氨基酸突变后,该蛋白质力学稳定性显著降低。然而蛋白结构域所处环境的影响也不容忽视。如蛋白Barstar和Top7具有相似的拓扑结构,但是Top7受力的β-折叠片周围还有其他的β-折叠,而Barstar则没有。与之对应,Barstar的力学稳定性远小于Top7。因此,我们寻找具有较强的内部相互作用以及蛋白质结构域紧密堆积的全α-螺旋蛋白,希望这样的结构能够赋予其中的α-螺旋较强的机械稳定性。人源白介素家族(Interleukin,IL)中的蛋白大部分都具有α-螺旋结构,且其中四个α-螺旋形成四螺旋束。该螺旋束的拓扑结构特殊,形成细胞因子独有的上-上-下-下的反平行结构,螺旋间相互交错缠绕,堆积紧密。在螺旋束的中心形成致密的疏水核,存在较强的疏水相互作用。我们推测其可能具有较强的稳定性。根据四螺旋束的大小、排布方式的区别可将α-螺旋白介素大致分为短链家族、长链家族和类干扰素家族这三类。我们从中挑选具有代表性的人源白介素进行基于原子力显微镜的单分子力谱实验,分别测量它们的力学稳定性并研究其机制。第二章中我们首先研究了人源白细胞介素-10(Interleukin-10,IL-10)中α-螺旋的力学稳定性。IL-10属于类干扰素家族,它的单体由6个α-螺旋构成(A-F螺旋),在溶液中能通过结构域交换形成非共价连接的二聚体。即一个单体的A-D螺旋与另一个单体的E’和F’螺旋紧密结合形成致密的疏水核心,该疏水核心约由该蛋白86%的疏水氨基酸构成。我们推测该疏水核心以及蛋白螺旋间的交缠能够增强其α-螺旋的稳定性。我们将针尖基板修饰的体系、蛋白质连接酶OaAEP1酶以及一种强生物相互作用相结合,设计了自上而下的单分子力谱实验方案。AFM测量结果显示IL-10中的α-螺旋的解折叠力为110 pN,比普通的单个α-螺旋蛋白高出近一个数量级,说明IL-10中的相互作用确实增强了 α-螺旋的力学稳定性。同时我们也进行了多个速度下的单分子力谱实验,通过加载速率与力的关系得到了 IL-10解折叠过程的动力学参数。第三章中我们研究了人源白细胞介素-6(IL-6)中α-螺旋的机械强度。IL-6是长链家族的典型白介素,它与IL-10具有不同的氨基酸序列、结构、受体以及功能,并且为一个蛋白单体。这两者的相似之处主要在于都具有螺旋束形成的疏水核心以及α-螺旋间的紧密堆积。单分子力谱的实验结果显示IL-6的α-螺旋具有与IL-10中相似的力学稳定性,蛋白解折叠力都为100 pN左右。证明了蛋白质的疏水核心和螺旋链交缠是稳定其中α-螺旋的主要原因。同样我们进行了不同速度的单分子力谱实验,研究IL-6解折叠过程的动力学参数。为了验证前两种白介素蛋白测量得出的结论是否可以推广至整个白介素家族,第四章中我们选择了白介素短链家族的代表人源白细胞介素-2(IL-2)作为研究对象并将其中第125位半胱氨酸突变为丙氨酸。单分子力谱实验结果与我们的预期吻合,IL-2-C125A的α-螺旋同样具有较高的力学稳定性。综合上述的实验结果,我们发现三种代表性的α-螺旋白介素蛋白:IL-10、IL-6以及IL-2-C125A中的α-螺旋都具有较高的力学稳定性。蛋白的解折叠力约为100 pN,比普通的单个α-螺旋高出近一个数量级,也是α-螺旋束的3-4倍。我们推测是由于蛋白内部致密的疏水核心以及交错缠绕的链导致其中的α-螺旋具有极高的机械性能。由于白介素家族的α-螺旋蛋白都具有疏水核心且都存在链缠绕的“加固”作用,因此我们认为这一结论可以推广到所有α-螺旋白介素中。同时,这种超稳定的α-螺旋为我们设计具有特殊功能的材料打开了新的思路。
其他文献
<正>电动自行车已成为中国百姓很重要的一种出行交通工具。据有关行业数据,截至2017年底,我国电动自行车社会保有量已超2.5亿辆,电动三轮车保有量超过5000万辆,电动自行车还在以每年3000多万辆的速度增加。为电动自行车和电动三轮车提供动力的主要是铅酸电池,占比高达95%以上。而由于这种电池的使用寿命一般只有一到两年,导致产生了数目巨大的废旧铅酸电池。铅酸电池中的铅和铅的氧化物会对环境造成污染,
期刊
《哲学的现在》一书作者为日本哲学家中村雄二郎,作者将晦涩难懂的哲学问题与现实问题紧密联系起来,从哲学的各个层面阐释了现在哲学的各个问题。该书将何为活着,何为思考此类问题拉回原点对其重新解读。可以说该书是对目前哲学正在致力解决的各种问题进行不断回顾考察,并将智慧和知识进行全面再统一的一次尝试。所谓翻译,可以说它是一种通过在不同语言之间的语言转换,将信息传递给不熟知原语的读者,作为信息发送者和信息接受
学位
已有的研究表明,应激对亲社会行为既有可能产生积极的影响,也有可能产生消极的影响。我们通过对以往研究的回顾和梳理,提出造成这种不同影响的原因:一方面是时间进程的影响,应激会抑制个体的认知控制功能,使个体从更依赖分析思维转向更依赖直觉情感反应,但不同时间点对不同思维加工方式的依赖程度存在差异;另一方面,是亲社会任务的情境不同,导致了自我和他人利益的冲突程度存在差异。据此,我们提出以下假设:一,应激会使
学位
当前我国正处在社会转型的关键期,全面深化改革的攻坚期,社会结构、利益分配格局发生深刻变化,社会不稳定因素滋生蔓延。作为预防和化解社会稳定风险的有效手段,社会稳定风险评估(简称稳评)受到党政部门的重视,稳评成为推进重大决策、重大项目和重大活动的必经程序和刚性“门槛”。但是自2005年四川省遂宁市开展稳评实践以来,政府既作为评估责任主体又作为评估实施主体,政府主导的稳评模式的弊端日益显现,稳评陷入了“
学位
<正>电动车废气"零排放",绿色便捷,但废旧电池回收环节却暗藏环境风险。因而,有必要在《电动车管理条例》中完善电池绿色回收条款,进一步规范地方电动车废旧电池回收环节的环境管理,加强对废旧电池收集、贮存、转移、利用等经营活动环境监管,提高电动车废旧电池污染防治水平。
期刊
随着互联网技术、大数据和人工智能的不断发展,人们对于数据的渴望就越来越强烈。在大量数据的压力下,服务还能否继续保持较高的稳定性和健壮性,就成了软件开发人员必须要考虑的问题。作为这些应用基础的数据库成为制约新型服务快速发展的瓶颈。大型企业为保证服务的稳定性,能够承受较高的成本来维护自己的服务器,使用有性能保障的商业数据库。但硬件维护的高昂成本,不是所有企业都能接受的。有鉴于此,云计算云平台技术应运而
学位
甲苯选择性氧化和异丁烷/丁烯烷基化是两种重要的催化反应,前者可以用来生产苯甲醛或苯甲酸等有机中间体,而后者是制备清洁汽油添加剂的重要过程。目前,对于这两个反应,传统工业都是在液相中进行的。其中甲苯选择性液相氧化反应体系中常常需要加入氯化物、溴化物或酸性物质等来促进反应的进行,这些物质的加入会导致产品的纯度降低,无法应用到医药制造或食品生产等领域。对于异丁烷/丁烯液相烷基化反应,工业上主要以H2SO
学位
杭州湾作为我国大陆边缘存在的沉积物输运-沉积体系之一,既具有山溪性源汇体系的特点,又遭受极端天气、强季风和人类活动等多因素影响,是进行海岸带陆海相互作用研究的理想区域。而杭州湾南岸庵东浅滩动力沉积过程特色突出,是处于强潮河口湾内的凸岸边滩型的堆积潮滩,与我国其他海岸研究程度较深的潮滩具有明显不同的特点。研究沉积物来源是探索河口湾潮滩沉积过程的重要环节,有河流输入、外海输入、河口湾内两侧海岸的侵蚀以
学位
动脉粥样硬化(Atherosclerosis,AS)是心血管系统疾病中最常见的疾病,也是血管疾病引起死亡的最主要原因。以AS为病理基础的心脑和外周血管疾病的发病率和病死率逐年增高。经皮血管腔内扩张成形术(Percutaneous transluminalangioplasty,PTA)及支架植入等介入治疗是近年来迅速发展起来的治疗动脉硬化闭塞症的主要方法,因其具有对患者创伤小,并发症少,收效快,操
学位
微生物来源的活性天然产物是新药源分子的重要宝库,据统计,在目前己知的抗生素中大约有60%来源于放线菌,因此一直以来从不同环境中获取放线菌并得到其次级代谢产物都是发掘新药源分子的重要途径。本论文主要是关于两株不同来源特境放线菌的次级代谢产物的研究,从不同地区土壤、昆虫样品中得到放线菌菌株,用合适的培养基大规模发酵,随后利用多种分离分析方法对发酵产物进行分离、纯化,并利用多种波谱分析方法对分离到的化合
学位