小单孢菌科是稀有放线菌中产生物活性物质最多的一个科。为了开发红树林土壤中的小单孢菌资源,本研究从海南文昌头苑红树林保护区采集23种红树植物的根际土壤,进行小单孢菌的选择性分离。采用自然风干后湿热55℃,20 min的预处理,平板稀释涂布法(10-1,10-2,10-3)将样品悬浮液涂布于添加了重铬酸钾,放线菌酮,制霉菌素和新生霉素的1/10 ATCC172选择性培养基。最后仅从其中的7个土壤样品中分离得到145株放线菌,经形态学观察有96株为小单孢菌,另外的49株以链霉菌为主。这7种红树植物包括尖叶卤蕨、海莲、老鼠勒、海漆、银叶树、海芒果和黄瑾,其中从黄瑾的土壤样品中分离得到的小单孢菌最多,为23株。从96株菌中挑选30株代表菌株进行16SrRNA基因序列分析,结果表明这30株菌全都分布在小单孢菌科的小单孢菌属。对145株放线菌中的126株菌发酵培养7 d,将其发酵液进行活性筛选。结果显示有4株具有抗HCT-116人结肠癌细胞毒活性,5株具有PTP1B抑制活性。其中有两株菌抗HCT-116人结肠癌细胞毒活性较强,IC50分别为0.523±0.088和3.227±0.522μg/mL;有一株菌PTP1B (protein tyrosine phosphatase 1B)抑制活性较强,IC50为3.41±0.58μg／mL。从海莲根系土壤分离得到的活性菌株最多。结合实验室收集的小单孢菌资源,选取了一株可能为小单孢菌新种的菌株211018进行多相分类鉴定。菌株211018分离自红树植物海漆的根际土壤,16SrRNA基因序列分析表明与其相似率最高的两株模式菌为Micromonospora olivasterospora DSM43868T(=JCM 7348T,98.6%)和Micromonospora pattaloongensisTJ2-2T(=JCM 12833T,98.4%)。同时,gyrB基因序列分析也验证了菌株211018应该属于小单孢菌属。菌株211018全细胞水解产物含葡萄糖,木糖,甘露糖,核糖和阿拉伯糖,无鼠李糖,属细胞壁D类糖型；含有meso-DAP(2,6-二氨基庚二酸),Gly和少许的DD-DAP,属细胞壁Ⅱ型氨基酸；主要脂肪酸成分为i-C15：0(27.53%)、10-methylC17：0(14.17%)、C17：1ω8c(12.78%)和i-C16：0(12.61%),类型为3b型；主要的甲基萘醌(menaquinone,MK)为MK-9(H4),MK-9(H6)和MK-9(H2)；磷酸类脂包含磷脂酰乙醇胺、磷脂酰甘油、磷脂酰肌醇和磷脂酰肌醇甘露糖苷,属PⅡ型；胞壁酸属于羟基乙酰型；(G+C)mo1%为70.8 mo1%。这些化学特征与小单孢菌属的特征基本一致。另外,DNA-DNA杂交试验结果和一些生理生化特征显示菌株211018与其相似率最高的两株模式菌株存在差异。基于得到的基因型和表型特征,确定菌株211018是小单孢菌属的一个新种,命名为Micromonospora rhizosphaerae sp. nov.,其16SrRNA和gyrB的基因序列号分别为FJ261956和GU126413。