合作创新是指企业间或企业、研究机构和高等院校之间的联合创新行为。合作创新通常以合作各方的共同利益为基础,以优势互补或资源共享为前提,有明确的合作规则、合作期限和合作目标,合作各方在合作创新的全过程或某些环节共同参与,共同投入,共享成果,共担风险。合作创新不仅有助于缩短创新时间、增强企业的竞争地位,而且能够使更多的参与者分摊创新成本和分散创新风险。合作创新被认为是企业获得技术创新能力的重要途径,已被广泛采用。但在合作创新风险管理现实过程存在着对风险分担客体认识不足、风险分担主体不明、风险分担不合理以及风险分担无章可循等问题。本文提出了把工程项目风险分担理论应用于合作创新风险管理的设想,针对合作创新风险管理实际运行中出现的问题进行分析,对合作创新风险分担的主体、客体和方法进行探讨,制定合作创新风险分担机制及方案,可对合作创新的健康发展提供有价值的参考和依据,具有较强的现实意义。论文在工程项目风险分担理论和合作创新风险管理的文献综述基础上,重点剖析了合作创新风险管理中存在的问题,从工程项目风险分担的理论入手,首先以工程项目风险分担的内容为框架对合作创新风险分担的主体、客体、方法进行研究,主要内容包括:通过分析合作创新各参与者的权责,进而界定合作创新风险分担的主体;对合作创新风险分担客体的界定;通过博弈分析,得出风险最优分担原则,利用模糊层次分析法构建了合作创新各参与方的风险分担模型,并使用匈牙利法对模型求解,为各类风险确定最优承担者。接着借鉴工程项目风险分担机制、方案对合作创新风险分担的机制和方案进行设计。最后以水下堤坝探测机器人的研制项目为例进行了论文的案例研究,证实工程项目风险分担理论应用于合作创新风险管理中的可行性。