伊斯兰教经院教育是伊斯兰文化体系的重要内容，是伊斯兰文化沿袭至今，代代相传的重要纽带，伊斯兰文化的诸多方面，如教义，礼仪，道德观念等，都有赖于伊斯兰经院教育的传承。自维吾尔族在喀喇汗王朝时期昄依伊斯兰教后，至清末民初新式教育的初步发展为止，伊斯兰经院教育就一直充当着新疆维吾尔族民族教育的主导地位。伊斯兰教经院学校教育分两个阶段：“麦克塔甫”和“迈德里斯”。“麦克塔甫”为初级经文学校，一般设在清真寺内。当时在喀什等主要城市及周边乡镇坐落着好几百座清真寺，形成了“有维吾尔就有清真寺，有清真寺必有经文学校”的景象。“迈德里斯”则为高级经文学校。这类学校通常附设于城镇的大型清真寺旁或附近，大多分布在喀什，库车，和田，莎车等城镇。这些经学院在进行宗教教育的同时，在当时维吾尔族社会没有任何其他教育形式的条件下，它又具有进行世俗教育的性质和技能，可以说，经院教育实际上是维吾尔族民族教育的一种形式。清朝统一新疆并建省后，在新疆推行了一系列有关经济，文化教育的政策。建省前后对伊斯兰教实施的政策除某些方面的调整外，本质上没变化。在这样一个政策下，经院教育以它原有的方式继续在新疆，尤其在南疆地区保留。然而，虽然经院教育在喀喇汗王朝时期出现并发展，在叶尔羌汗国时期达到了顶峰，但它毕竟是一种宗教教育，倾向宗教知识而忽略世俗知识的局限性使经院教育走向没落。清末，近代维吾尔族民族资产阶级开始萌芽于喀什，伊犁等地区。这些民族资产家经商，足迹遍布中亚，俄罗斯，欧洲等地。先进的科学使他们在思想和行为上有了重大的转变。他们开始意识到落后的教育制度和思想是束缚社会前进的枷锁。于是他们不顾守旧宗教势力的反对，模仿喀山，克里米亚等地区鞑靼人的扎吉德教育模式，以积极创新的态度去改革经文学校。可以说清末时期是新疆新式教育的萌芽阶段。虽然这一时期新式教育的覆盖面有限，但它的出现为死气沉沉的塔里木盆地带来了新的生机，为维吾尔族近代教育的出现打下了基础。