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雌激素受体基因（ESR）、催乳素受体基因（PRLR）和促卵泡素亚基基因（FSH-β）是调控猪繁殖性状的候选功能基因，本研究以这三个基因为候选基因，以杜洛克猪、长白猪、大白猪三个猪种各100头为研究对象，采用DNA测序技术对ESR、PRLR和FSH-β基因的部分内含子和外显子区域进行多态性检测，并利用PCR-RFLP技术对检测到的多态性突变位点进行基因分型。同时，运用系统工程原理，建立繁殖性能指数，构建同一猪种下三个基因不同的多态位点与繁殖性能指数的最佳组合基因型，进而将不同的基因型分别与繁殖指数进行相关性分析，为人工筛选猪种最佳繁殖性能提供分子标记。结果如下：1.三个基因共发现3个多态性位点，分别是位于ESR基因内含子3区域第64号位点处存在的A＞G突变；位于PRLR基因外显子10区域第215号位点处存在的C>T突变，该酶切位点的突变会引起蛋白质相应的氨基酸由丙氨酸→缬氨酸（A→V）的变化，两种氨基酸都是非极性氨基酸，并没有改变氨基酸的极性；位于FSH-β基因内含子1区域第79号位点存在的T＞C突变。三个位点均呈现三种不同基因型，并处于Hardy-Weinberg平衡状态。2.在杜洛克猪中，ESR基因第3内含子、PRLR基因第10内含子和FSH-β内含子1的扩增片段都存在多态性，且PRLR基因的CC型、CD型与杜洛克猪繁殖指数的关系较DD型表现为差异显著（p<0.05）。ESR基因和FSH-β基因的各基因型与繁殖指数的关系表现为差异不显著（P>0.05）。三个基因的组合基因型基因效应分析结果表明：组合基因型AACCEE的繁殖指数与组合基因型BBDDFF的繁殖指数相差3.97，表现为差异显著（p<0.05），组合基因型AACCEE为杜洛克猪种三种基因的最佳组合基因型。3.在长白猪中，ESR基因第3内含子、PRLR基因第10内含子和FSH-β内含子1的扩增片段都存在多态性，其中，ESR基因的AA型与繁殖指数的关系较AB、BB型，表现为差异显著（p<0.05）；PRLR基因的CD型与繁殖指数的关系较CC型和DD型基因型，表现为差异显著（p<0.05）；FSH-β基因的FF型与繁殖指数的关系较EE、EF型，表现为差异显著（p<0.05）。三个基因的组合基因型基因效应分析结果表明：组合基因型AACDFF的繁殖指数与组合基因型ABCDFF和BBDDFF的繁殖指数分别相差3.34和3.16，表现为差异显著（p<0.05）。组合基因型AACDFF为长白猪中三种基因的最佳组合基因型。在长白猪的选育中，可以保留AACDFF组合基因型的母猪作为种用。4.在大白猪中，ESR基因第3内含子、PRLR基因第10内含子和FSH-β内含子1的扩增片段都存在多态性，三种基因的各基因型与繁殖指数的关系表现为差异不显著（P>0.05）。组合基因型基因效应分析结果表明：各组合基因型与繁殖指数的关系也表现为差异不显著（p>0.05）。以上结果提示猪ESR、PRLR和FSH-β基因与繁殖性能指数的关系，在不同猪种中三个基因的组合基因型效应都不相同。且ESR、PRLR和FSH-β基因的组合基因型对杜洛克猪、长白猪的繁殖效应明显，可以作为分子标记对基因多态性进行标记辅助选择，从而提高母猪的繁殖性能，获得经济效益。