我国区域环保督查机构的设立具备历史渊源和现实依据。环境的区域性特征决定了该机构的设置具有科学性。在我国的现行环境执法体系下存在着地方环保部门受地方政府影响或干预,难以独立执法;地方环保信息不能及时、准确地上报,环保部难以获得可靠信息;跨区环境问题频发,各地方政府之间难以有效协调解决;突发性环境事件的频发,难以及时应急响应等问题,区域环保督查机构也正是因时而设。我国对区域环保督查机构的现有职责规定存在法律定位不清晰、职责规定过于原则、笼统等问题。而在运行机制及相关立法上也存在诸多不健全的地方。在信息机制上,缺乏信息来源及其相关立法,与环保部以及地方政府存在严重的信息不对称;在决策机制上,不能自主决策,尤其不能参与区域内重大建设项目及规划的环评,环评的相关法律法规中没有规定区域环保督查机构参与环评的权利;在协调机制上,地方保护主义严重阻碍区域环保督查机构与地方各级政府之间的联系;在参与机制上,区域环保督查机构的运行高度的公众参与;在执行上,执行权限有限、执行资源匮乏,法律上缺乏对执行权的有效保障。美国、德国和英国等国家的区域环保督查机构都是作为国家或联邦环境保护部门的分支部门而独立存在的,并且在立法上对机构的性质、地位以及机构的编制和运作程序有明确的规定。国外的区域环保督查机构一般享有较大的权力,在实际运行上,与环保部和各地方的关系规定也比较明晰。针对我国区域环保督查机构运行机制中存在问题以及国外的成功经验,进一步完善我国区域环保督查机构的相关立法。在性质上,定位为环保部的独立的组成部分或其仍作派出机构但赋予较大职权;在职权上,应做到督、查统一;在运行机制上,建立信息的多渠道收集机制,独立决策,强化与地方政府、环保机构的协调,扩大公众参与,加大执行力度、完善执行机制;在立法完善上,可以有三种方案供选择。包括:在现行的环境保护法律法规中增加环保督查机构的相关规定,在《国务院组织法》中完善派出机构的运行规定,制定专门的环保督查机构管理办法。通过不断完善法律保障,保证我国区域环保督查机构的良好运行。