【摘 要】
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假诺卡氏菌属是一类进化关系相近,基因组高G+C含量(大于70%)的放线菌。其细胞壁肽聚糖含有内消旋二氨基庚二酸,水解液中含有半乳糖和阿拉伯糖,但不含枝菌酸。目前,该属因为其独特的生态作用,及其在生物技术、制药、农业和环境修复等领域的应用,受到广泛关注。然而,遗传操作体系的缺乏,严重限制了对该类放线菌的研究与应用。本研究以分离自中国西藏自治区雅鲁藏布江流域的土壤中分的一株假诺卡氏菌为研究对象,构建一
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假诺卡氏菌属是一类进化关系相近,基因组高G+C含量(大于70%)的放线菌。其细胞壁肽聚糖含有内消旋二氨基庚二酸,水解液中含有半乳糖和阿拉伯糖,但不含枝菌酸。目前,该属因为其独特的生态作用,及其在生物技术、制药、农业和环境修复等领域的应用,受到广泛关注。然而,遗传操作体系的缺乏,严重限制了对该类放线菌的研究与应用。本研究以分离自中国西藏自治区雅鲁藏布江流域的土壤中分的一株假诺卡氏菌为研究对象,构建一套适用于该类细胞的遗传操作体系。通过对该菌株基因组序列与NCBI数据库中已知假诺卡氏菌株基因组序列之间进行平均核苷酸同源性(ANI)比较,将其归为自养假诺卡氏菌,并命名为Pseudonocardia autotrophica Yalu。该菌株基因组编码至少17种潜在的次级代谢产物合成途径,以及病毒防御系统,如噬菌体增殖限制系统、CRISPR-Cas系统等,具有重要的理论及应用研究价值。进一步分析发现,其基因组包含了与放线菌ΦC31噬菌体整合序列非常相似的基序,预示通过接合转移,外源DNA可导入P.autotrophica Yalu细胞。因此,本项目创建了基于接合转移的遗传操作系统,以大肠杆菌为供体细胞,将外源DNA导入自养假诺卡氏菌Yalu菌株细胞。通过尝试不同接合转移参数并不断优化关键参数,最终确定,以ISP4培养基(不添加Mg2+)作为接合转移平板,受体与供体菌数量分别为4.0×10~7和1.0×10~8,接合转移效率最高可达到5.5×10-6。利用该遗传操作系统,我们成功将GFP编码基因整合到宿主基因组ΦC31att/int整合位点,并利用流式细胞仪检测到了外源导入的GFP荧光信号,可作为报告系统。除了基于ΦC31 att/int系统的外源DNA基因组整合,我们通过同源重组方法,将2个非必需基因从基因组敲除,基因替换效率达到50%(10个阳性样品中5个是双交换)。综上,本研究创建了一套适用于自养假诺卡氏菌Yalu菌株的遗传操作方法,为在该类菌株中开展基础研究,促进对菌株的开发应用,提供了高效的遗传操作工具。
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