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生物土壤结皮是荒漠生态系统的地表“皮肤”,古尔班通古特沙漠中有发育良好的生物土壤结皮（BSCs）,蓝藻作为生物土壤结皮的重要组成微生物之一,发挥着提高土壤肥力、防风固沙、涵养水源、加速土壤熟化、促进维管束植物定殖等重要的生态功能。前期学者已对古尔班通古特沙漠蓝藻的分布和生态功能做了大量研究。基于传统形态鉴定和高通量测序方法对蓝藻多样性的研究也有许多,但是随着分子生物学的发展,更高分辨率和准确性的蓝藻分类学地位工作需要开展。于是本实验研究从古尔班通古特沙漠生物土壤结皮中培养分离纯化出38个蓝藻藻株,并采样生态位、传统形态鉴定、16SrDNA和ITS二级结构多相结合的方法对实验藻株进行分类学鉴定。同时,选择古尔班通古特沙漠的5个不同站点的生物结皮,对比研究其中蓝藻多样性的差异性及其主要环境影响因素。主要研究结果如下:1)实验藻株分属于颤藻目（Oscillatoriales）、念珠藻目（Nostocales）、色球藻目（Chroococcales）和聚球藻目（Synechococcales）。2)颤藻目（Oscillatoriales）中的实验藻株分属于微鞘藻属（Microcoleus）,Symplocastrum属,Pycnacronema属。鉴定的已知物种有具鞘微鞘藻（Microcoleus vaginatus）、斯氏微鞘藻（M.steenstrupii）,Symplocastrum californicum,未知物种有Microcoleus sp.CXA0202-3、Microcoleus sp.CXA009-3（CXA013-2）、Pycnacronema sp.53-3-5B;3)念珠藻目（Nostocales）中的实验藻株分属于单歧藻属（Tolypothrix）,伪枝藻属（Scytonema）,念珠藻属（Nostoc）。鉴定的已知物种有Nostoc indistinguendum、地木耳（Nostoc commune）、Tolypothrix distorta、Tolypothrix campylonemoides、Scytonema hyalinum和Scytonema cf ocellatum;4)色球藻目（Chroococcales）中的实验藻株属于拟甲色球藻属（Chroococcidiopsis）。发现的物种有Chroococcidiopsis sp.47-8、Chroococcidiopsis sp.CXA027-1、Chroococcidiopsis sp.57-3-1（CXA029-2）;5)聚球藻目（Synechococcales）中的实验藻株应分属于细鞘丝藻属（Leptolyngbya）,Trichocoleus属,Nodosilinea属。鉴定的已知物种有Leptolyngbya Albertano-Kovacik、Leptolyngbya tenerrima、Trichocoleus desertorum、Nodosilinea epilithica。6)在古尔班通古特沙漠,不同区域影响蓝藻的物种组成和群落结构。具鞘微鞘藻、斯氏微鞘藻和拟甲色球藻几乎在各个站点均占明显的优势;在藻结皮与地衣结皮阶段,蓝藻群落结构在不同站点之间有所差异或差异显著。7)有机质、全氮、结皮类型是影响大尺度区域生物结皮蓝藻群落结构的关键因素。本研究结果将为深入了解古尔班通古特沙漠蓝藻多样性和分类学地位提供理论依据,也为大尺度区域下蓝藻物种组成和群落结构的环境驱动因子提供科学依据。