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猪繁殖性状被公认为是低遗传力的数量性状和经济性状,中国地方猪种在这一性状表现比较优良。在猪遗传育种过程中,传统杂交育种和分子标记辅助选择育种相结合(marker-assisted selection,MAS)成为现代选种、保种技术的新方向。本研究中以嘉兴黑猪为研究对象,选取雌激素受体(Estrogen Receptor,ESR)基因、卵泡刺激素β亚基(Follicle-Stimulating Hormoneβ,FSHβ)基因、催乳素受体(Prolactin Receptor,PRLR)基因为候选基因,采取513份嘉兴黑猪耳组织为试验材料,抽提其基因组DNA,以候选基因的外显子区域设计引物,PCR扩增得到目的序列,目的片段采用PCR-SSCP方法和直接测序方法检测SNPs,统计分析各基因的等位基因频率和基因型频率、Hardy-Weinberg平衡情况以及其与繁殖性状关联分析结果,为建立嘉兴黑猪的分子标记辅助育种模型奠定基础。ESR基因第一外显子区域扩增目的片段,测序后分析得到4个SNPs:T6901C、G6759A、T6927G、A7188G。测序峰图表明每个SNP处都出现三种基因型,分别命名为AA、AB、BB、NN、NM、MM、EE、EF、FF、JJ、HJ和HH。统计分析了这些位点的基因型频率和基因频率,卡方检验表明,T6901C、A7188G两个基因座均处于Hardy-Weinberg平衡状态,G6759A、T6927G显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。选取嘉兴黑猪产仔数、活仔数、死胎数、胎间距、初生均重5个繁殖相关性状与多态性位点T6901C、A7188G的六种基因型分别进行性状关联分析结果表明,T6901C位点与性状关联分析三个基因型之间无显著性差异;而A7188G位点中HH基因型个体产仔数与活仔数均显著高于JJ基因型个体(P<0.05),死胎数性状HH基因型显著高于JJ基因型(P<0.05),初生重性状HH性状显著高于JJ基因型(P<0.05),在其他性状,各基因型之间无显著性差异。FSHβ基因的外显子2上扩增的目的片段测序分析获得到3个SNPs:T1035C、A922C、A925G。每个SNP位点都出现三种基因型,分别命名为KK、KL、LL、QQ、QR、RR、UU、UV、VV。统计分析了这些位点的基因频率和基因型频率,卡方检验表明,A922C位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态,T1035C、A925G位点符合Hardy-Weinberg平衡状态。T1035C、A925G位点各基因型与嘉兴黑猪群体5个繁殖性状关联分析,结果显示T1035C位点各基因型之间无显著性差异,G925A位点分析发现,UU基因型与VV基因型个体的初生重显著高于UV基因型(P<0.05)。PRLR基因第5外显子区域发现1个SNPs:A13902T,PCR-SSCP检测显示存在三种基因型:XX、XY和YY。统计分析了这些位点的基因频率和基因型频率,卡方检验表明,此位点符合Hardy-Weinberg平衡状态;与5个繁殖性状关联分析结果显示,产仔数性状、活仔数性状、初生重性状在A13902T位点的基因型之间差异显著(P<0.01)XX>XY>YY,与其他性状各基因型之间则无显著性差异。A7188G位点与A13902T两个位点合并基因型效应对于五个繁殖性状关联分析发现,合并基因型中,产仔数性状HHXX基因型比JJXX基因型每胎多产2.03头(P<0.05),HJXX基因型比JJXY基因型每胎多产2.12头(P<0.05),比JJYY基因型每胎多产2.38头(P<0.05)。对于活仔数性状HHXX基因型比JJXX基因型每胎多1.95头(P<0.05),比JJYY基因型多3.53头(P<0.03),初生重性状HHXX基因型每窝比JJYY基因型重4.37kg(P<0.05),比JJXY基因型每窝重3.83kg(P<0.05)。死胎数性状与胎间距性状没有显著影响。