2010年11月初，我国财政部颁发了修订后的《中国注册会计师审计准则》，准则明确要求注册会计师要了解被审计单位的内部控制环境。做为内部控制系统的制度环境，公司治理制约着内部控制的有效运行，由此可知公司治理一定会对注册会计师审计产生重要影响。公司治理做为对公司进行控制和管理的制度安排，其健全与否直接影响到上市公司与证券市场的健康发展，其完善程度关系到上市公司会计信息质量的高低。真实可靠的会计信息是注册会计师对上市公司出具标准审计意见的前提，注册会计师对上市公司的财务报表发表审计意见时，必然会关注公司会计信息的质量。理论上讲完善合理的公司治理代表着较高的经营管理水平和较低的审计风险，因而注册会计师对公司治理比较完善的上市公司审计后往往会出具标准无保留审计意见。可见公司治理完善与否与审计意见存在很大相关性。本文首先选取在深交所主板上市的A股公司2010-2012年的数据作为研究对象，并采用二元logistic回归实证研究等方法，从上市公司公司治理的股权结构、董事会和监事会特征三个方面选取具有代表性的指标研究公司治理因素对上市公司年报审计意见类型的影响。实证结果发现，是否设置审计委员会指标与注册会计师出具的标准无保留审计意见具有显著的正相关关系，上市公司第一大股东持股比例、董事会会议次数指标和监事会总规模指标与注册会计师出具的标准审计意见具有显著的负向相关关系。即设置了审计委员会的上市公司更容易获得标准审计意见；董事会会议次数越大，上市公司获得非标准审计意见的可能性就越大。此外第一大股东持股比例越高反而获得标准审计意见的可能性越高，并且监事会规模越大获得标准审计意见的可能性却越高。