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SNPs遗传分子标记的开发和应用是数量性状和群体遗传学研究聚焦的关键点。RAD简化基因组测序技术是近年来基于限制性酶切的简化基因组高通量测序技术进行SNP开发最为有效、经济的方法之一。然而，迄今为止在家禽方面，尚未有关RAD简化基因组高通量测序相关研究报道。因此，有必要将这种SNPs遗传分子标记开发新技术引入到家禽行业，为家禽群体遗传学研究和遗传分子标记开发提供新的方法和手段。实验以13种中国地方鸡品种为主要研究对象，以及3种引进鸡品种为主要参照群体，共72个样品，利用RAD简化基因组测序技术对其进行高通量测序。经高通量测序平台Hiseq2000测序共产生620million有效Reads，平均每个个体检测到75,587个SNPs，群体内共有474,933个SNPs，对其过滤后28,896SNPs得到确认，并且有15,404个SNPs新发现的SNPs，约占53.3%；实验获得了这些群体的SNPs多态性遗传图谱，各群体SNPs数量从从30,763到181,507不等，平均群体SNPs数量为101,108；。群体遗传学分析发现，13种中国地方鸡品种比3种引进鸡品种杂合度高，说明中国地方鸡群体的遗传多态性较高，还存在很大的选育潜力和空间。另外，通过群体Pairwise Fst分析、群体聚类分析和系统进化树分析发现中国地方鸡品种与引进鸡品种差异较大，具有独特的遗传多样性，需要得到更多的关注。通过本实验得出如下结论：一是RAD简化基因组测序技术在鸡以及畜禽上应用是可行的。二是可进行鸡品种多态性图谱构建和群体遗传学研究，对畜禽遗传育种工作有指导性意义。三是RAD简化基因组测序技术成功实施为畜禽获取高通量SNPs和全基因组关联分析(Genome-Wide Association Study, GWAS)和全基因组选择(Genome-Wide Selection, GWS)等群体遗传学研究和遗传标记提供新的方法和手段。