目的:通过分析重庆地区2010-2015年手足口病患儿柯萨奇病毒A组16型(CA16)VP1区核苷酸序列,了解近6年重庆地区CA16-VP1基因特征,并为CA16-VP1基因研究及疫苗开发提供基础依据。方法:收集2010-2015年为手足口病的住院患儿其粪便标本,进行病原学检测,使用特异性引物利用巢式PCR方法进行CA16-VP1基因片段的扩增并测序。通过随机抽样共选择54株病毒分离株,构建系统进化树,分析重庆地区CA16-VP1氨基酸变异情况。结果:1.系统进化树显示2010-2015年重庆地区CA16病毒分离株均为B1亚型,且同时存在两个流行分支。2014-2015年病毒株均为B1b亚型,分流支上未见B1a亚型。重庆地区CA16病毒可见时间聚集性,且每年流行分布亦存在差异。2.分析54株病毒株氨基酸变异情况可见,共发现8个氨基酸变异位点,其中有22株病毒株发生了L5M变异。讨论:基因序列研究分析表明,2010-2015年重庆地区CA16分离株均为B1亚型,且存在两个传播链同时流行,可见时间聚集性。2014-2015年病毒株均为B1b亚型,提示B1b基因亚型可能在共同循环和流行过程中逐渐形成了独立的优势进化分支。病毒株中发现8个氨基酸变异位点,但本研究中的变异位点尚无文献报道,其是否影响CA16病毒毒力有待研究。