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本实验采用细胞染色体核型、蛋白和同工酶电泳与线粒体DNA RFLP分析方法，首次研究了青海湖裸鲤种群遗传多样性状况。染色体核型研究结果表明；①青海湖裸鲤染色体总数2n=92条，由18条中着丝粒染色体、18条近中着丝粒染色体、16条近端着丝粒染色体和40条端着丝粒染色体组成，其核型式为：18m+18sm+16st+40t，NF=128。与其它裂腹鱼亚科鱼类相比，青海湖裸鲤二倍体染色体数目和广泛分布在青藏高原的拉萨裂腹鱼、异齿裂腹鱼、尖裸鲤、黄河裸裂尻鱼和骨唇黄河鱼相同。由此反映出具有92条染色体的裂腹鱼在逐渐演化成适应于高原生态环境的特殊类群时，可能经受过相同或相近的生态处境；②与大多数裂腹鱼一样，青海湖裸鲤也可能是二倍化了的多倍体；③青海湖裸鲤可能是某些原始的鲃类通过演化和自然选择，逐渐演化成适应于高原生态环境的特殊类群。 在蛋白水平上，共检测了132尾裸鲤的20个遗传座位，仅发现Tf,MDH、AMY、EST和POD五个座位表现出多态性，其中，Tf、MDH、AMY和EST四个座位均有一对等位基因；而POD座位表现出复杂的电泳图谱，未进行深入分析。青海湖裸鲤多态座位百分比和平均杂合度分别为P=0．25，H=0．095。其平均杂合度低于马，高于山羊、绵羊和牛。 在mt DNA RFLP水平，10种限制性内切酶在30个个体中共检测出7种限制性态型，其中3个限制性酶BamHⅠ(A、B型)、BclⅠ(A、B型)、PvuⅡ(A、B型)表现出多态性，Ava Ⅰ(A型)表现为单态，共可归结成四种单倍型，其基本类型为单倍型Ⅰ(因该单倍型在样本中占80%)，即，AvaⅠ—A、BarnHⅠ—A、BclⅠ—A和PvuⅠ—A，各类型间遗传距离(G)在0.011～0.10之间，群体内mtDNA核苷酸歧异度π值为0.0043。由分析可知本实验30个个体有4个母系来源。 我们的结果从蛋白水平(核基因组)和mt DNA(核外基因组)水平共同提示，青海湖裸鲤种群遗传多样性比较丰富，这可能与青海湖裸鲤的起源、进化和生存环境的特殊性有关。