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背景与目的:手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD)是一种全球流行的急性传染性疾病,表现为囊泡侵袭5岁以下儿童的手部、足底及口周。大部分患者症状较轻,可以凭借自身的免疫力自愈,但若不加以重视,容易造成脑膜炎和肺水肿等并发症并且危及生命。近年来,手足口病的发病率呈逐年上升的趋势,其致死率也远远超过我国其它C类传染疾病。该病严重危害了儿童的生命健康,由此也引起了中国卫生部门的高度重视。一直以来,肠道病毒71型(Human enterovirus 71,EV71)和柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)被广泛地认为是手足口病的主要病原体,而近几年,柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CVA6)诱发的手足口病病例逐渐增多。由于二代测序技术的发展,病毒在分子层面的研究不断深入,计算机的发展促使生物信息学技术应运而生,采用计算机方法分析生物学问题已经成为当下流行趋势。应用贝叶斯方法构建的最大可信分支树与其它方法相比具有更准确、更高效等特点。它通过限定最合适的核苷酸替代模型使系统发育树的模型更加精确,同时计算后验概率使最终得出的数据标准化。基于贝叶斯方法的种种优势,研究人员已将其用于病毒的系统发育分析中。在肠道病毒中,基因重组情况普遍存在,病毒通过遗传信息的转移适应环境,产生新的基因型,因此基因重组是病毒变异和进化的重要原因。当下,手足口病的主要病原体EV71的疫苗已应用于临床,CVA16疫苗也在紧张地研发中,然而,关于CVA6疫苗的研发却鲜少报道。因此,本研究深入了解了CVA6的进化趋势以及遗传特征,不仅对手足口病预防和控制具有实用价值,也为疫苗的研发、药物靶位的筛选提供理论基础。材料与方法:本研究共收集了57份长春市2015年手足口病标本,通过逆转录PCR对病毒样本进行分子分型,并对其中11株CVA6 VP1基因进行扩增并测序,将测序结果上传至Genbank。从Genbank中下载353条带有明确分离时间以及地点的CVA6 VP1基因序列,用MEGA剪掉多余序列,进行重组检测、饱和度检测以及选择最适合的核苷酸替代模型。将经过预处理的序列通过贝叶斯方法建立最大可信分支树(maximum clade credibility tree,MCC),并绘制Bayesian skyline plot,分析CVA6 VP1基因的进化特征。从Genbank中下载148条CVA6全基因组序列,经过MEGA比对后用RDP4以及Simplot进行重组分析,进一步探讨CVA6的进化趋势及遗传特征。结果:本研究从57份手足口病样本中分离得到11株CVA6,与原始株相比,测序所得的这11株CVA6 VP1基因核苷酸变异率为16.8%-17.6%,氨基酸变异率为3.3%-6.7%。根据贝叶斯方法构建的最大可信分支树表明1992年至2015年间的CVA6共分为GⅠ-GⅤ五个基因型,GⅣ基因型进一步分为GⅣ-1型和GⅣ-2型,GⅤ基因型进一步分为GⅤ-1型和GⅤ-2型。本研究分离得到的11株CVA6中有10株为GⅤ-2型,1株为GⅣ-2型。中国近年来流行的CVA6为GⅣ-2型和GⅤ-2型,并且以GⅤ-2型为主。CVA6 VP1基因多态性曲线在1999年及2006有明显的上升趋势,在2002年至2005年以及2011年至2015年期间相对平稳。CVA6 VP1基因的进化率为平均每年每个位点发生4.7982E-3次替代事件。CVA6 VP1基因编码的氨基酸的三位密码子的突变率分别为0.303、0.105及2.599。对CVA6全基因组进行重组分析,CVA6在编码结构蛋白的VP1、VP2、VP3、VP4区域中均发生不同程度的型内重组,而在非结构蛋白区,基因重组集中发生于2A、2B和3A区域,并且在22个重组株中,有15株在2B区域发生重组(68.18%)。结论:本研究采用贝叶斯方法,将1992年至2015年间全球CVA6分为GⅠ-GⅤ五个基因型,在2002-2005年以及2011-2015年期间CVA6 VP1基因的遗传相对稳定,并未出现新的基因型。从长春地区分离的CVA6为GⅣ-2基因亚型(1/11,9.09%)和GⅤ-2基因亚型(10/11,90.90%)。CVA6全基因组的重组分析结果表明,CVA6的型内重组在结构蛋白和非结构蛋白编码区均可发生,但在非结构蛋白编码区中重组现象更为普遍。