食管鳞癌是中国人常见的恶性肿瘤，其分子机制目前尚不清楚。许多蛋白质在食管癌中表达发生改变，如annexin Ⅰ的表达发生下调，而CASK则表达上调。本研究通过RT-PCR、Western-blot、组织微阵列、间接免疫荧光、以及免疫共沉淀等方法，从功能基因组学角度研究了CASK和annexin Ⅰ在食管鳞癌中的表达、定位和相互作用关系。结果显示：在食管鳞癌annexinⅠ蛋白异常丢失，在癌细胞膜上定位减少，分布紊乱，并转位到核膜。CASK在食管癌中表达上调，在癌细胞中的定位也发生改变：在核膜及核膜周围的胞浆中分布增加，在胞膜上的分布紊乱并相对减弱。双免疫荧光标记鉴定CASK和annexin Ⅰ在食管鳞癌配对组织及人食管癌细胞系中的定位关系时发现在正常食管上皮组织中CASK和annexin Ⅰ存在共定位，而在食管鳞癌中这种共定位相对减弱。在食管癌细胞系中，共定位主要存在于细胞核内。通过免疫共沉淀实验发现CASK与annexin Ⅰ在食管上皮中存在相互作用，与正常食管上皮相比，在食管鳞癌中这种相互作用减弱，在恶性程度较低的食管癌细胞系中也存在CASK与annexin Ⅰ的相互作用，而在恶性程度高的另一个食管癌细胞系中没有发现这种相互作用。这些结果提示CASK和annexin Ⅰ与食管癌变过程密切相关。 随着人类基因组测序工作完成，蛋白质组研究成为新的研究热点，本研究应用蛋白质组前沿技术——抗体芯片技术，分析了376种细胞中具有重要功能的蛋白质在食管鳞癌中的表达情况。结果显示抗体芯片可以用来研究细胞内低丰度蛋白，并发现20种以上参与细胞周期和信号转导过程的重要功能蛋白在食管癌中的表达发生改变。