十九大提出要着力增强创新驱动发展新动力,加快形成经济发展新方式,推动经济社会科学发展、率先发展,要求企业加快研发创新,提升产业竞争实力。然而,近年来我国企业的研发投入越来越多,但实际科研价值增长却并不明显。多数企业的虽然进行研发创新,但对研发创新的整个过程不够重视,企业研发创新时出现科技主管部门与科研项目研发团队沟通不足、科研项目研发团队研发积极性不高、科技成果转化率偏低、科研制度不够完善等问题。因此,本研究对促进企业科技主管部门与科研项目研发团队研发项目的管理,推动企业科研项目价值提升具有重要作用。本文基于实地访问及问卷调查A企业实际的科研项目情况及科研项目研发团队的研发现状,深度剖析了企业科研项目管理中心存在的问题,分析并提出影响企业科研项目研发的关键因素;通过演化博弈方法研究了A企业科技主管部门与科研项目研发团队之间的研发创新博弈,重点分析了研发奖惩制度、研发成果价值、审查成本等关键因素影响A企业科技主管部门与科研项目研发团队研发稳定性的机制机理。基于此,参照政策设计方法,提出促进科研项目管理优化的机制机理,优化企业科研项目研发管理,提升科研项目价值。研究发现企业资金投入、科技主管部门关注程度、科研项目研发团队研发兴趣、科研成果产出价值、奖惩制度等因素对企业科研项目管理具有重要影响;价值增益系数的增长、科研项目研发团队受到的罚金或奖励的增加、科技主管部门选择审查的概率增加、科技主管部门投入的审查成本越高、收益分配系数的变化均会改变科技主管部门与科研项目研发团队的决策。