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研究背景和目的:替比夫定(telbivudine,Ld T)是一种抗乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)药物,对病毒复制有抑制作用。在治疗过程中,病毒群体频繁出现药物耐药性突变,这些突变主要位于逆转录酶(reverse transcriptase,RT)区。长期的抗病毒治疗增加了HBV RT区发生耐药的风险。迄今为止,LdT治疗后的慢性乙型肝炎患者的病毒准种的复杂模式和动态变化并未充分深入研究。本研究中,我们使用下一代测序技术(Next-generation sequencing,NGS)对经LdT治疗的慢性乙型肝炎患者的HBV RT区准种耐药性的组分和动态变化进行分析。方法:1.我们收集21例慢性乙型肝炎患者的5个时间点(即治疗前的基线,LdT治疗后的第1,3,12,24周)的血清样本,并进行DNA提取,HBV RT区域PCR扩增。随后PCR产物进行传统Sanger测序和离子流测序。2.构建生物信息学分析流程,对离子流测序数据进行分析,包括原始测序数据预处理,测序错误纠正,序列比对,准种重建,以及准种复杂性和多样性测度的计算。3.在不同的治疗反应组中比较准种复杂性和多样性的差异。结果:我们构建了生物信息学的分析流程,用于病毒下一代测序数据的测序错误纠错与准种重建。在随访期间,我们发现HBV DNA水平的变化与病毒学应答(即完全病毒学反应,HBV DNA滴度水平在治疗24周时≤60 IU/ml;不完全(部分)病毒学反应,602000 IU/ml)和HBV基因型(ANOVA,P=9.9e-07和1.9e-05)有显著相关。病毒准种的复杂性(Shannon entropy,Sn)与时间点,基因型和反应性(ANOVA,P=0.50,0.16和0.69)没有显著差异。平均遗传距离(mean genetic distance,π)的变化与基因型(核苷酸和氨基酸水平,分别为P=0.45和0.13)和反应性(P=0.95和0.35)没有显著相关。此外,dN和dS的变化与基因型(P=0.33和0.19)和反应性(P=0.17和0.06)没有显著相关。结论:经LdT治疗24周后,慢性乙型肝炎患者完全病毒学反应组和不完全病毒学/无病毒学反应组之间的24周内,HBV-RT区的准种的复杂性和多样性并未观察到显著变化。