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在对超级杂交水稻“两优培九”的父本93-11和母本培矮64S采用鸟枪法进行核基因组测序的过程中，积累了大量的细胞质基因组序列。以国际上已经发表的水稻日本晴(Nipponbare)叶绿体基因组序列为基础，用Blast从培矮64s和93-11的测序数据库中调出同源序列各5万余条。通过Phrap软件，用这些序列组装了完整的培矮64S和93-11叶绿体基因组序列。研究结果发现：1．培矮64s叶绿体基因组大小为134，559bp，93-11叶绿体基因组为134，505bp，与已知的日本晴叶绿体基因组(大小为134，525bp)存在长度差异。2．通过分子生物学实验方法论证了组装策略的正确性。3．通过序列比较分析了培矮64S和93-11与日本晴的叶绿体基因组的单核苷酸多态性(SNP)和多碱基插入缺失(InDel)变化。4．通过设计引物进行PCR扩增，验证了在日本晴、培矮64S和93-11之间存在的三个片段69bp、32bp和15bpTnDel插入缺失变化。证明了在93-11中69bp缺失和32bp重复是真实存在的。15bp的差异则可能是由于日本晴叶绿体基因组原序列的拼接错误引起的。5．设计引物并选取27个材料对这两个片段差异进行PCR扩增。结果发现69bp片段缺失与否与材料的籼粳属性有关(只有窄叶青除外)，32bp带型与69bp带型相关。研究结果印证了前人的结论，即69bp的片段差异的确与籼稻和粳稻分化有关系。山于32bp与69bp片段的带型相关，说明32bp片段差异也与籼粳分化有关系。6．对水稻三个材料的叶绿体基因组GC含量分析表明，材料间GC含量差异较小：93-11为39.00％；培矮64S为38.52%；日本晴为38.99％。这表明可能在水稻亚种间叶绿体基因组在DNA组分上也是非常保守的。7．三个材料叶绿体基因组中分别预测到339、332、328个ORF区，其中非重叠的ORF均为40个，最长的ORF有4，626 bp，与其他物种差异很大。