本文论述了农业是国民经济的基础产业，在国民经济中有着重要的基础作用。中央一号文件——《中共中央国务院关于进一步加强农村工作提高农业综合生产能力若干政策的意见》指出，全面落实科学发展观，坚持统筹城乡发展的方略，切实加强农业综合生产能力建设是2005年农业和农村工作的重要内容。农业资源的有限性、难以替代性及农业生产的区域性、季节性等特性，促使有必要而且可以对农业子系统进行耦合，从而提高农业系统的综合生产能力和可持续发展能力。 本文选择典型样地马坪镇开展农业耦合系统的理论与实践研究，研究认为，系统性的提出了有关农业耦合系统的理论和原则，着重探讨了农业耦合系统的结构、功能特性、驱动力和耦合度等内容，将有助于人们在实践中更好的认识农业耦合系统的机理和特性；首次选择在我国南方地区典型样地开展农业耦合系统研究的实践工作，针对马坪镇农业系统的实际情况，设计了马坪镇农业耦合系统模式，分析证明该模式运行三年来取得显著的综合效益；综合应用GIS和SD方法对马坪镇农业耦合系统的控制进行了研究，模拟了本系统未来16年的变化情况，提供优选方案供决策层选择，并制定基于GIS和SD优化的马坪镇农业耦合系统建设规划。