去除抗体组库测序中嵌合体序列的方法研究

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通过免疫组库测序在核苷酸及分子水平上获得特异性抗体的技术正被广泛应用于适应性免疫并取得了一定的成果。然而,在测序的文库制备过程中,PCR技术是必不可少的一个重要步骤,在PCR反应体系引入的大量嵌合体序列会影响抗体的开发、体外超频突变(SHM)的评估从而阻碍下游探索分析。通过前期对公开发表的免疫组库数据集的分析,结果发现,在同一个项目内的共有克隆比例远远高于项目间的样本,并且共有克隆数与样本内的克隆数的拟合关系远远偏离项目间的线性关系,这些项目内共有克隆的特征也与项目间的共有克隆不同,由此推断这些克隆可能是嵌合体序列导致的非真实克隆。在模拟数据中,本研究比较了 PCR条件与嵌合体序列产生的关系,发现嵌合体序列的产生与PCR条件以及序列自身的相似性密切相关,其中主要的因素是与PCR采用的引物集、退火温度、模板量相关,不同V基因片段之间的相似性也影响嵌合体序列的形成。因此,我们设计了一整套实验以及分析方法来去除文库制备过程当中的嵌合体序列,利用双端barcode(已知的固定序列)标记不同的样本,双端UMI(未知随机核苷酸)在单轮PCR循环中标记每条分子,在后期的分析中通过样本barcode的组合以及UMI的分布来移除测序中的样本间嵌合体和样本内嵌合体,以达到获取准确的免疫组库特征的目的。对序列的barcode组合以及UMI的丰度分析发现,在库内序列中,有约15%的序列为嵌合体序列,在样本barcode组合正确的序列中,仍有约20%的序列的UMI丰度呈现异常分布,从而在很大可能上是嵌合体序列。这些嵌合体序列与真实的样本间有非常高的共有克隆,在移除这些嵌合体序列之后,样本间的共有克隆,序列的SHM比例均发生较大的变化。另外,基于UMI校正了序列的表达量之后,克隆的排序也发生了改变,因此,通过UMI校正PCR的偏好效应,同时去除嵌合体序列是非常重要的,移除这些实验因素的影响对于免疫组库的研究以及相关PCR技术的文库制备有重要的意义。
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