独立学院是特定的历史时期适应社会经济发展的产物，是高等教育为适应我国国情需要而探索的一种办学新机制、新模式，是我国高等教育改革中，实现高等教育大众化、提高国民素质的新创新，这种模式通过利用社会各种可利用的资源，增加了我国高等教育的投资。随着独立学院的增加，办学规模的扩大，独立学院管理中存在的问题也越来越多，由于内部控制基础薄弱引起的问题更加明显，目前国内及国外对内部控制的研究大多数是针对企业，近几年对我国高等院校的内部控制研究也有了一些成果，但是我国高等院校内部控制体系的建设尚有很多不足之处，独立学院作为新的办学模式，发展时间比较短，目前对独立学院的内部控制制度研究更是少之又少，因此，加强独立学院内部控制的研究，促进独立学院内部控制制度的完善，对促进独立学院的健康发展有着重要的理论和现实意义。本文从研究国内、国外内部控制的发展出发，介绍了内部控制理论基础，结合我国独立学院的特点，分析了独立学院的内部控制现状，以Z学院为例，对Z学院内部控制的主要内容进行了详细分析，然后对Z学院内部控制的改进和完善提出一些可行性政策建议，最后希望独立学院在董事会及院长等的领导下，全体师生共同努力，能够结合自身特点在逐渐完善内部控制的基础上，实现合理化的自我管理和自我监督，不断优化自身的内部控制管理制度，尽可能杜绝挪用资金、贪污、行贿受贿、资源浪费等问题出现在独立学院的经济活动中，优化教育资源，提升教学质量，培育符合社会发展需求的应用型人才，使独立学院健康、持续的发展下去。