在国家创新驱动战略全面实施的背景下，科技型中小企业作为国家创新系统的重要活动单元，面对全球产业升级与国家新旧动能转换的竞争压力，如何通过有效手段平衡资源异质性的先发优势与资源约束的固有脆弱性，把握现有“双创+四众”社会氛围以及新三板扩容与VC/PE资本规模扩张带来的市场机遇的命题，需要通过回归创新价值视角来探索有效举措。基于此，将科技型中小企业在创新活动中资源与能力的动态作用视作“黑箱”，本文引入创新价值链分析框架，对科技型中小企业创新活动展开两阶段效率测算与分析，旨在对优化其创新效率与完善外部保障机制提供参考性建议。　　通过对评价对象、评价框架与评价内容进行概念界定，本文构建“资源-能力-效率”融合理论框架阐释创新效率视角的选取必要性。基于创新价值链，本文构建科技型中小企业两阶段创新效率评价体系，并以创新“死亡谷”与路径依赖陷阱、创新价值链的“双链接”、技术创新范式的“双环节”阐述对两阶段创新效率视角选用的必要性、有效性、普适性。遵循评价原则与计量思想，构建以研发经费、研发人员、专利授权量、专利申请量、营业利润、营业收入增长率6个指标的“初始投入-中间产出-最终产出”的链式评价体系与能够体现创新两阶段模型的系统性与分阶段有效关联的链式关联两阶段DEA模型。　　应用链式关联两阶段DEA模型对40个电子及通信装备制造类科技型中小企业样本进行技术研发效率、成果转化效率以及整体创新效率测算。实证分析得出以下观点：（1）评价模型具备科学性与有效性。通过三个创新效率值的整体均值分析与相关性检验，以及引入行业对标值的二次测算证实。（2）“科技型”是中小企业发展的有效选择，技术研发效率起关键作用。在整体均值对比、相关性分析与回归检验中，科技型中小企业成果转化效率高，但技术研发效率对整体效率影响作用更大。（3）4类创新效率模式有着不同特征。“双低”模式呈现规模相对较大，VC与PE背景占比高特征；“高-低”模式呈现研发基础扎实，技术转化潜能未完全释放特征；“低-高”模式呈现占据军品等专用市场，整体创新效率偏低特征；“双高”模式呈现运营特色鲜明，竞争优势突出。（4）企业规模与创新效率存在负相关性，以狭义界定的科技型中小企业为对象的研究更具代表性。　　基于创新效率特征与启示，在“资源-能力-效率”融合理论框架指导下针对4类模式提出效率优化策略，引入汉威电子、欧比特、威帝电子、亿联网络实例进行应用阐释，并从供给面、环境面、需求面三个维度提出外部保障建议。