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褐蓝子鱼(Siganus fuscescens)隶属硬骨鱼纲(Osteichthyes)辐鳍亚纲(Actinopterygii)鲈形目(Perciformes)刺尾鱼亚目(Acanthuroidei)蓝子鱼科(Siganidae),刺少肉嫩,味道鲜美,花纹绚丽,具有较高的食用价值和观赏价值,在中国华南地区、新加坡、菲律宾及其它东南亚国家相当畅销,极具人工养殖潜力。近年来受过度捕捞与环境污染等影响,中国野生褐蓝子鱼资源急剧下降,亟待采取有效保护与合理利用措施。遗传多样性是物种保护和开发利用的物质基础,为此本文测定了浙江温州,福建宁德和平潭,广东汕头、闸坡、硇州岛、合浦、乌石,海南潭门、陵水、新盈和东方,以及广西合浦等12个群体线粒体DNA控制区序列以分析遗传多样性和种群结构,旨在了解中国近海褐蓝子鱼遗传多样性的空间分布格局和种群历史动态等,为种质资源的保护和开发利用提供科学依据。研究结果如下:1)在全部297尾标本741bp线粒体控制区序列中,变异位点92个,简约信息位点62个,分别占序列核苷酸总数的12.42%和8.37%。中国近海褐蓝子鱼总体呈现高单倍型多样性(Hd=0.926±0.005)和低核苷酸多样性(π=0.017±0.023)的特点,其中遗传多样性最低的是汕头(Hd=0.917±0.024,π=0.007±0.0129),其次是闸坡群体(Hd=0.867±0.029,π=0.009±0.0165);遗传多样性最高的是合浦(Hd=0.956±0.017,0.022±0.0212),其次是潭门群体(Hd=0.917±0.024,π=0.022±0.0024)。2)在邻接树和单倍型网络图中,出现2个组群3个分支,每个组群和分支均有混杂不同地理来源的个体,推测组群间的分歧时间为72.6~21.8万年前,分支间分歧时间为:Clade A与Clade B分支间的分歧时间为49.48~14.84万年前,Clade A与Clade C之间以及Clade B与Clade C之间的分歧时间均为83.22~24.97万年前,均在中更新世时期,可能是受到了更新世冰期循环的影响。3)就总体种群分化而言,中度分化出现在汕头群体与硇洲岛、宁德群体之间(FST:0.112~0.134且0.01<P<0.05,Nm:3.234~3.965)。汕头群体与除平潭和新盈外的其余9个群体间存在的轻度而显著分化(FST:0.039~0.134,0.01<P<0.05);闸坡群体则与宁德、平潭、汕头、硇州岛、潭门、陵水和合浦等7个群体间同样存在轻度而显著的分化(FST:0.039~0.100,0.01<P<0.05)。至于Clade A,中度分化出现在合浦与东方2个群体之间(FST=0.120且P<0.05,Nm=3.67);轻度分化均出现在宁德群体与平潭、汕头、硇洲岛3个群体(FST:0.052~0.091,Nm:5.02~9.08);闸坡群体与平潭、汕头及硇洲岛3群体之间均存在轻微分化(FST:0.009~0.073且0.01<P<0.05);闸坡与合浦、平潭、硇洲岛3个群体间出现低度分化(FST:0.060~0.091且P<0.05);合浦与温州、硇洲岛、潭门3个群体(FST:0.008~0.120,P<0.5)也出现低度分化。这些分化可能受到台湾海峡、琼州海峡、珠江冲淡水,中国近岸流和南海暖流以及褐蓝子鱼独特的生理生态特征的共同影响所致。4)将中国近海褐蓝子鱼作为一个整体、2个组群与3个分支分别进行中性检验、不配对分析和R2检测,结果均显示经历了种群扩张,整体扩张时间分别为15.23~4.57万年前,组群1和组群2的扩张时间分别为10.85~3.26万年前、8.153~2.446万年前,分支A和分支C分支扩张时间分别为14.19~4.26万年前、8.15~2.44万年前,可能是更新世冰后期海平面上升,主要在近海生活的褐蓝子鱼栖息生境因海侵而扩张所致。5)基于不同地理群体间的遗传分化与遗传多样性,建议优先保护合浦群体与潭门群体,以及汕头群体和闸坡群体。