随着人类工业化的快速发展,生态环境侵权案件频发,俨然成为一个不容忽视的社会问题。但是生态环境侵权不同于一般的侵权案件,有其特殊性,因此,对于生态环境侵权的因果关系认定,如果采用传统的因果关系认定理论,多数环境侵权的受害者将无法得到救济。各国,尤其是日本,为了应对这一问题提出了因果关系推定理论并在立法上进行了实践,并且产生了许多不同的因果关系推定的方法,主要包括盖然性说、疫学因果关系说和间接反正说,但各学说都有自己的优势和不足。对于生态环境侵权中因果关系推定的适用,首先,适用因果关系推定需要具备三个条件,存在基础事实、基础事实和推定事实存在或然性联系以及无推翻基础事实和推定事实的证据；其次,还需要三个步骤,即第一,受害人证明基础事实,第二,推定,第三,加害人提出反证。目前,我国立法上考虑到了生态环境侵权中因果关系认定的困难,虽然对因果关系推定制度并没有明确规定,但是确立了举证责任倒置制度来代替,这是混淆了因果关系推定与举证责任的概念；实践中虽然对因果关系推定的方法有所尝试,但并不成熟。我国适用因果关系推定还存在一系列的障碍,包括与现存制度不协调、生态环境侵权概念界定不清晰、对因果关系推定理论缺乏系统性的研究以及环境法律人才匮乏等。针对我国因果关系推定适用的现状和存在的障碍,应该从以下几方面进行完善,包括在立法上对因果关系推定制度予以规定并重新进行设计,建立多级证明标准并对原被告适用不同的证明标准,对因果关系推定的适用条件加以限定以及适用范围加以规范,并调整生态环境侵权案件的审判人员的构成。