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本论文基于孤雌生殖卤虫转录组文库,利用获得的Unigene序列筛选微卫星位点,设计并合成170对SSR引物。用三个地理卤虫群体(新疆艾比湖卤虫群体Artemia parthenogenetica、山西运城卤虫群体Artemia sinica和西藏双湖卤虫群体Artemia tibetiana)进行通用引物筛选,有21对引物可以扩增出稳定、清晰的目的条带。结合荧光标记PCR扩增技术,最终有8对引物呈现多态性。微卫星标记开发数量少,可能与微卫星标记在三个地理卤虫群体中的通用性低有关。采用上述8对EST-SSR标记对中国三个卤虫地理群体进行了遗传多样性和遗传变异评估。8个微卫星位点在三个卤虫地理群体中的等位基因数的范围2-10,有效等位基因数范围为1.071-4.388。平均观测杂合度范围0.592-0.640,平均期望杂合度范围0.437-0.504,平均多态信息含量范围0.370-0.432,说明西藏双湖卤虫群体遗传多样性最低,而山西运城卤虫群体遗传多样性最高。三个卤虫群体间遗传分化系数为0.333,表明三个地理群体之间存在明显的遗传分化,这与三个卤虫群体属于不同种有关。运城与双湖卤虫群体间的遗传相似度最高(0.429),艾比湖与双湖卤虫群体间最低(0.266),表明运城与双湖卤虫群体的亲缘关系最近,与艾比湖卤虫群体的亲缘关系最远,这与运城和双湖卤虫群体属于两性生殖卤虫,而艾比湖卤虫群体属于孤雌生殖卤虫有关。中亚五个孤雌生殖卤虫地理群体(Kunlundinskoye,R4;Big Yarovoe,R6;Big Medvejie,R19;Seten,K6和Aral,K25)。选用自主开发的6对EST-SSR引物和文献中2对微卫星引物,对中亚卤虫群体进行遗传多样性分析。8对微卫星位点在五个卤虫群体中的平均多态信息含量表明,8对微卫星引物在R4和R6两个卤虫群体中属于中度多态,在其它三个群体中属于高度多态。等位基因数范围是2-6,有效等位基因数范围为1.516-4.205,期望杂合度范围为0.345-0.772,香农指数范围为0.612-1.568,表明K25和R19两个群体遗传多样性最高,可能和群体自身的多样性高有关。五个群体的遗传分化系数为0.132,表明这五个中亚卤虫群体间属于中度分化。R4和R19两个群体间的遗传分化系数最小(0.022),遗传分化系数最大的两个群体是R6和K6(0.143),不同的遗传分化程度可能与地理位置有关。Structure分析表明,R4和R19种群遗传结构较为相似,遗传信息渗透广泛。本研究表明,基于孤雌生殖卤虫转录组开发的微卫星多态性位点可用于分析卤虫群体遗传多样性、遗传分化和遗传结构分析。研究结果对部分亚洲区域卤虫遗传多样性和遗传结构有了基础认识,为我国乃至全球卤虫种质资源评估鉴定以及可持续开发利用建立技术平台。