数字化差异显示筛选视网膜母细胞瘤肿相关基因

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目的: 利用数字化差异显示技术构建正常视网膜组织与视网膜母细胞瘤肿瘤组织的mRNA差异表达谱,筛选与视网膜母细胞瘤发生/发展相关的基因,并对其进行鉴定,为研究RB发生机制、临床诊断和治疗提供新的参考依据。 方法: 利用肿瘤基因组解剖计划(CGAP)提供的数据库和cDNA DGED和SAGE DGED工具筛选视网膜母细胞瘤与正常视网膜组织间的差异表达基因,建立cDNA差异表达基因库(设为A集合)和SAGE差异表达基因库(设为B集合)。由于RB的发生/发展除了Rb1基因突变外,还与其他基因的改变有关,因此,通过比较A和B集合,筛选获得A ∩ B子集合共15个基因,把这些基因中的6个与其他肿瘤发生有关基因和仅由cDNA DGED筛选的WIF1和FRZB基因定义为视网膜母细胞瘤肿瘤相关候选基因。最后,通过实时定量PCR分析这些基因的mRNA表达水平。 结果: 1、cDNA DGED对2个视网膜母细胞瘤组织EST文库和7个正常视网膜组织EST文库进行差异表达显示,当表达差异率F>2时,共筛选出差异表达175个基因(A集合),其中在视网膜母细胞瘤组织中差异表达上调基因68个和差异表达下调基因107个。 2、SAGE DGED对1个视网膜母细胞瘤组织SAGE文库和9个正常视网膜组织SAGE文库进行差异表达显示,当表达差异率F>5时,共筛选出差异表达基因103个(B集合),其中在视网膜母细胞瘤组织中差异表达上调基因73个和差异表达下调基因30个。 3、比较eDNA和SAGE DGED筛选的差异表达基因,发现共同筛选获得15个差异表达基因,即A∩B子集合;通过检索文献,发现15个基因中的8个基因具有视网膜组织特异性,如SAG、ROM1等,另外7个基因(MCM7、HMGA1、ACTG1、PTMA、NPM1、RPSA和RPLO)与其他肿瘤发生有关,且在视网膜母细胞瘤全部表达上调,推测这些基因可能与视网膜母细胞瘤的发生/发展相关,定义为视网膜母细胞瘤肿瘤相关候选基因。 4、实时定量RT-PCR分析7个视网膜母细胞瘤肿瘤相关候选基因中的6个(MCM7、HMGA1、ACTG1、PTMA、RPSA、NPM1)和仅由cDNA DGED筛选的WIF1和FRZB基因。分析结果显示除NPM1未能检测外,其余的7个基因的实时定量RT-PCR分析结果与数字化差异显示分析结果相一致;但实时定量RT-PCR分析RPSA和PTMA基因在视网膜母细胞瘤细胞系Hxo-Rb44中表达下调。 结论: 利用数字化差异显示技术筛选的差异表达基因涉及蛋白合成、细胞周期调控与凋亡、细胞连接、代谢和视光感受等生物学过程,参与了JNK、Wnt、Ca2+和感光信号等多条信号传导通路;差异基因表达谱从侧面也揭示了视网膜母细胞瘤的生物学特征。通过cDNA DGED和SAGE DGED共同筛选获得7个与肿瘤相关的候选基因,实时定量RT-PCR分析鉴定的7个基因mRNA表达水平与数字化差异显示结果相一致,定义为视网膜母细胞瘤肿瘤相关基因;从另一方面也说明利用数字化差异显示技术筛选肿瘤相关基因的方法是可行的。
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