由于司法会计鉴定资料形成、原理及固有特点,使其形成的过程和记载的内容直接反映了所涉及的经济活动事实,同时也将发生或隐匿在其中的涉案事实完整地记录下来。特别是涉及贪污、偷税漏税、房地产、股票、期货、计算机等经济领域的犯罪案件,处理经济类型纠纷案件、企业破产案件等,对于涉案的财务会计专业问题往往需要通过司法会计鉴定意见来证明。司法会计鉴定意见作为一类特殊的法定证据,自然应当遵循法律规定对证据和证据运用的一般要求。但是我国目前没有独立的证据法典,现行规定又没有明确地将司法会计鉴定纳入其管理范畴,不利于司法鉴定制度的完善。同时,公检法机关拥有包括启动权在内的全部鉴定权,而诉讼参与人仅有补充鉴定和重新鉴定的申请权,导致法庭各方诉讼“地位”并不平等；法官由于不具备专业知识难以审查司法会计鉴定意见,不利于对其正确运用；对鉴定人不出庭缺少约束机制,导致鉴定意见的采信不合法；专家辅助人选聘的条件、专家意见的证据地位等都缺少可操作的规定,导致专家辅助人难以成为“法官的助手”;缺少统一的行业技术规范导致司法会计鉴定意见质量参差不齐及难以质证；此外重复鉴定、多头鉴定、对司法鉴定的投诉日益增多等等实践问题的频现,可见,亟需进行统一司法鉴定管理制度的改革。笔者从证据法角度对司法会计鉴定意见进行研究,参考域外司法鉴定制度的可取之处,探索实践中各种问题出现的原因,以完善我国司法会计鉴定制度为目标,提出如下建议：一是建立以司法启动为主,当事人启动为辅的模式,合理配置司法鉴定启动权,充分保障当事人的举证权利；二是对鉴定人出庭的范围、不出庭的法律责任、例外性的规定以及特别保护程序等进行具体规定,确保司法会计鉴定人出庭,充分保障当事人的质证权利；三是完善专家辅助人启动条件、诉讼地位、选聘资格、权利和义务,意见开示及采信规则等具体规定,协助法庭各方对鉴定意见获得审查能力；四是完善司法鉴定制度,建立包括一般程序准则和具体技术细则在内统一的司法会计鉴定技术规范；五是建立错鉴追究制度,职业保险制度,保障鉴定质量,提高诉讼效率。期待为完善司法会计鉴定意见在实践中的应用提供理论,为将来司法体制、司法鉴定制度、诉讼程序改革提供理论参考。