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牛病毒性腹泻-黏膜病（BVD）是由牛病毒性腹泻-黏膜病病毒（BVDV）引起的牛的一种急性、热性传染病，主要表现为腹泻、粘膜脱落、母畜流产、死胎和畸胎，持续性感染、免疫耐受与免疫抑制等。流行病学调查发现，该病在许多养牛业发达的国家和地区广泛流行，在我国有20多个省、市、自治区流行该病，并且有较高的感染率。新疆北疆作为新疆畜牧业的重要产区，近年来引种数量较大，牛、羊存栏量较多，贸易频繁，导致BVD的广泛流行。为了对北疆地区BVD进行有效防控，开展新疆北疆BVDV分子流行病学调查，弄清本地区BVDV流行株基因型和遗传变异情况具有重要的意义。本研究对采集新疆北疆地区疑似BVDV感染牛病料进行BVDV核酸检测，选取阳性样品进行BVDV的分离鉴定，并对流行株E2基因进行克隆及遗传变异分析。主要研究方法和结果如下：1、新疆北疆部分地区BVDV分子流行病学调查研究为了解新疆北疆部分地区BVDV流行株的分子背景，本研究根据GenBank中公布的BVDV5-UTR的基因序列，设计特异性引物，对采集的116份样品进行BVDV核酸检测，选取部分阳性样品经5-UTR基因克隆测序后进行BVDV流行株基因分型研究。结果66份为阳性样品，感染率为56.90%，表明在北疆地区BVDV感染较为严重。随机选择的12份测序样品中，11份属于BVDV-1型，1份属于BVDV-2型。研究结果证实北疆地区是以BVDV-1流行占据优势地位，但也存在BVDV-2型感染。2、BVDV-2新疆流行株的分离鉴定对BVDV-2RT-PCR检测阳性样品处理后接种MDBK单层细胞，进行BVDV流行株的分离鉴定。结果成功分离出1株可产生明显细胞病变（CPE）的BVDV cp型毒株。该毒株引起的CPE主要表现为病变细胞逐渐变圆、脱落，聚集成堆，出现拉网，脱落死亡。通过对该分离株的E2部分基因扩增、测序和序列比较，进一步证实所分离的毒株（BVDV2-SW）为BVDV-2型。3、BVDV新疆流行株E2基因的克隆与遗传变异分析利用套式PCR方法扩增BVDV E2基因全长，克隆、测序后与国内外不同地区BVDVE2基因进行比较分析。结果成功克隆了BVDV-SW和BVDV2-SW流行株E2基因，长度为1120个核苷酸。序列分析发现，BVDV-SW流行株E2基因核苷酸序列与国内分离株changchun184株，新疆分离株Manasi株和MNS2株同源性为86%；推导氨基酸序列同源性为84%。与NADL株和C24V株相比，其核苷酸和推导氨基酸序列同源性均低于80%。BVDV2-SW流行株与XJ-04和890株的核苷酸同源性分别为87%和84.7%，推导氨基酸同源性分别为80.8%和79.9%。遗传进化分析显示，BVDV-SW和BVDV2-SW流行株在基因分型上分别属于BVDV-1和BVDV-2。抗原表位优势区域BVDV-SW与shihezi148基本一致，而BVDV2-SW与890和XJ-04相同。BVDV-SW和BVDV2-SW流行株E2基因均存在变异现象。