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软枣猕猴桃是具有良好发展前景的果树之一，而其分子生物学方面研究相对比较落后，还不能满足育种的需求。我国软枣猕猴桃的野生种质资源相当丰富，但是培育出来的栽培品种却很少。本研究基于NCBI公共数据库中猕猴桃属的EST（Expressed Sequence Tag,表达序列标签）为软枣猕猴桃开发SSR（Simple Sequence Repeat，简单重复序列）分子标记，并利用所开发的EST-SSR标记对36份软枣猕猴桃的雌株进行遗传多样性分析。获得的主要结果如下：1．NCBI中共有132,593条猕猴桃属EST序列，经CAP3软件拼接后，得到27,101条惟一序列。利用SSRIT软件搜索SSR位点，发现5,755条EST序列中，含有6,413个SSR位点。分析发现，在全部的100种重复类型中，二核苷酸重复与三核苷酸重复是主要的重复类型，占总SSR的78.84%。二核苷酸中，AG/CT重复的数量最多，其所占比例为89.03%；三核苷酸中，AAG/CTT重复的数量最多，其所占比例为26.57%。2．将3,038条SSR侧翼不小于50bp的EST序列进行同源性比对，结果有1,029条序列与已知蛋白具有较高的同源性。继续对1,029条序列进行功能注释，有928条序列被注释上相应的功能，功能注释结果被划分为生物学过程、分子功能和细胞组分三大类。在Level2水平上，功能注释结果一共被分成19个亚类。3．使用Primer5.0软件设计了199对EST-SSR引物，随机抽取5份软枣猕猴桃材料的基因组DNA作为模板，对引物的有效性进行验证，筛选出具有清晰的扩增产物的引物141对。将这141对有效性引物在全部36份软枣猕猴桃材料上进行扩增，结果发现其中110对引物具有多态性，多态性频率为78.01%。每对引物的等位基因有1~6个，平均2.35个。4.由NTSYS-pc2.10e软件计算36份软枣猕猴桃材料间的遗传相似系数，并用UPGMA方法进行聚类分析，相似系数为0.68的水平上，将36份软枣猕猴桃材料分为七大类，这将为未来软枣猕猴桃资源的起源研究和分子辅助育种提供重要依据。