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甘蔗赤条病是一种由燕麦食酸菌引起的细菌性病害,分布于全球各主要种植甘蔗的国家和地区。国内有关甘蔗赤条病致病菌的分子鉴定和遗传多样性研究未见报道,为此,本研究于2013-2016年期间在我国广西、云南、广东、海南、福建、贵州等6个不同省(区)蔗区收集了 108份甘蔗叶片样品,其中包括84份有赤条病害症状和24份无赤条病害症状的叶片样品。根据燕麦食酸菌16S-23SrDNA间隔区设计一对特异性引物RS-ITS-F1/RS-ITS-R1,采用PCR方法对108份叶片样品总DNA进行检测。结果表明,有赤条病害症状和无赤条病害症状的叶片样品阳性检出率分别为96.4%(81/84)和83.3%(20/24)。随后对阳性样品的PCR产物进行克隆和测序,共获得142条侵染甘蔗的中国燕麦食酸菌16S-23S核糖体间隔区序列,大小在436-454 bp之间,存在有四种插入/缺失(InDel)突变位点,它们之间的序列一致性为89.2-100%。系统进化分析结果表明,本研究获得的142条序列可划分为6个不同的系统进化分支,分别为H、HE、E1-1、E1-2、E2-1、E2-2组群。这些样品的PCR产物经HindⅢ和EcoRI双酶切后聚丙烯酰胺凝胶电泳,结果显示不同进化分支上的序列具有独特的PCR-RFLP模式。大多数侵染甘蔗的中国燕麦食酸菌序列划分在H、HE 和 E2-2 组群,分别占 32.4%(46/142)、29.6%(42/142)和 28.2%(40/142)。在我国6个省(区)中都有发现燕麦食酸菌HE和E1-2组群;燕麦食酸菌H组群和E2-2组群在5个省(区)有发生;燕麦食酸菌E1-1组群仅在海南省和贵州省发生,而燕麦食酸菌E2-1组群只分布在云南省。最后,我们从感病叶片成功分离出甘蔗赤条病致病菌菌株SC-026(GenBank登录号KY363762),属于HE组群,从菌株细胞的形态学和生理生化指标也证实为燕麦食酸菌。该菌株注射接种至甘蔗品种FN41的健康植株,接种6天后植株叶片赤条病害典型症状表现稳定,发病率高达60%。本研究首次报道了我国蔗区甘蔗赤条病致病菌的分子鉴定、致病菌的遗传多样性及其不同株系地理分布,这些研究的结果为我国甘蔗赤条病害的生态防控提供技术支撑。