高等教育的学科结构是承载高校三大职能的平台，它反映了科学技术发展和知识进步所形成的学科划分，关系到国民经济和上层建筑各部门高级专门人才的结构，并且高等教育的学科结构是高等教育资源配置状况最直接的反映和体现。构建科学、合理的学科结构，培养适应经济社会发展要求的高质量专门人才是新世纪我国高等教育的一项紧迫任务。学科结构的发展受经济、社会、科技等因素的影响，合理的学科结构要符合知识发展的逻辑、适合社会发展的需求和经济发展的趋势，从知识、社会、经济发展的维度来看，学科结构的发展经历了朦胧意识、自觉认识、整体把握和系统研究四个阶段，学构结构由单一化逐渐走向综合化。建国初期的院系调整中我国的学科结构初步形成，并在“大跃进”时期进行了全面调整，虽然在“文化大革命”中遭受了重大挫折，但最终在改革开放后实现了历史性跨越，使我国的学科结构与经济社会发展不相适应的状况得到了一定程度的改善，但是仍存在学科规模盲目扩张、新兴和交叉学科发展缓慢，学科环境不优与缺乏学科文化底蕴等问题，不能适应当前我国全面建设小康社会及构建和谐社会的要求。从美国和英国学科结构的发展历程来看，高等教育的学科结构都是随着时代而发展变化的，不存在某种稳定的结构状态。通过借鉴国外高等教育学科结构调整的经验，我国高等教育学科结构的优化可以通过打破“学科壁垒”，加强基础学科建设，推动交叉学科发展，以促进不同学科之间的融合来实现，同时必须与产业结构调整相协调，对学科布局进行合理规划以推动学科结构的非均衡可持续发展，并采取政府宏观管理与高校自主调节相结合的举措来优化我国高等教育学科结构。