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本试验以120只新疆山羊为研究对象，选取4个微卫星标记（BM6506、BMS1788、MCM38、BMS1248），采用微卫星标记技术，检测新疆山羊群体的遗传多态性，运用最小二乘线性模型，对所检测到的多态标记与经济性状进行关联分析。旨在对新疆山羊早期选择进行标记辅助选择育种提供试验依据。结果如下：1.所选微卫星标记在新疆山羊中的遗传多态性分析：所选4个微卫星标记在新疆山羊群体中进行多态性检测，均得到了特异性扩增结果，共检测到27个等位基因，平均每个位点的等位基因数为6.75个。均多于4个等位基因，可用于新疆山羊群体的遗传多样性分析。所选的4个微卫星标记在新疆山羊群体中的平均有效等位基因数为：5.1795；平均杂合度为：0.8039；平均纯合度为：0.1961:；平均多态信息含量为：0.7741，均为高度多态标记(PIC＞0.5)，表明新疆山羊群体的遗传变异程度大，遗传多样性丰富，这4个微卫星标记可以用于新疆山羊群体遗传多样性和生产性状的相关分析。2.对4个多态微卫星标记部分基因型与新疆山羊群体经济性状进行关联分析，结果表明：在绒细度性状上：标记BMS1788的CF和EG基因型个体显著高于AE基因型个体（p﹤0.05）；BMS1788可望作为新疆山羊绒细度选择的分子标记。在绒长度性状上：标记BM6506的AB基因型个体显著高于BB、BD和AA基因型个体（p﹤0.05），标记BMS1788的CF基因型个体显著高于AD和DE基因型个体（p﹤0.05），标记MCM38的AB基因型个体（除AC和CF）显著高于其他基因型个体（p﹤0.05），标记BMS1248的BD基因型个体显著高于BG基因型个体（p﹤0.05）；BM6506，BMS1788，MCM38，BMS1248可望作为新疆山羊绒长度选择的分子标记。在含绒率性状上：标记BM6506的AC基因型个体显著高于BB和AA基因型个体（p﹤0.05），标记MCM38的AC和CF基因型个体显著高于CG基因型个体（p﹤0.05）；BM6506，MCM38可望作为新疆山羊含绒率选择的分子标记。