油菜是具有重要经济价值的油料作物,油菜种子产生的菜籽油富含多种易被人体吸收的不饱和脂肪酸和维生素,具有很高的营养价值；菜籽油因含有与柴油成分相同的不饱和脂肪酸,被认为是解决石油能源匮乏的重要途径；随着生物技术的发展,在遗传水平上对菜籽油化学成分进行定向改变,可达到满足工业需求的目的。因此,如何提高油菜单位产油量一直是育种工作者热衷的目标。本研究以来自世界上油菜主要生产国的189份甘蓝型油菜自交系构建的自然群体为研究群体,结合21348个SNP标记及两年含油量表型数据,分析了自然群体的群体结构、亲缘关系、连锁不平衡及含油量性状表型变异,在最佳Q+K模型下通过全基因组关联分析检测与含油量性状显著关联的位点,为甘蓝型油菜高油育种和其它基于此群体的性状研究提供基础。得到的结果如下：(1)群体结构、亲缘关系分析：由189份甘蓝型油菜自交系材料组成的自然群体被分为P1和P2两个类群,被归为同一类群的油菜趋向聚在一起,其中P1类群包含44个油菜品系(23.28%),P2类群包含145个油菜品系(76.72%)。P1类群被检测到包含G1、G2、G3三个亚群,G1亚群油菜品系主要是合成品种,G2、G3亚群油菜品系来自欧洲、加拿大和澳大利亚。P2类群中检测到G4、G5两个亚群,亚群内的油菜品系主要来自中国。群体内80%的任意材料之间的亲缘关系值小于0.05,这其中包括约58%的材料的亲缘关系值接近0,约22%材料的亲缘关系值存在于0-0.05之间,这些结果表明整个群体材料之间的亲缘关系弱,对关联分析的影响较小。双向方差分析,得到的广义遗传力为0.8800,表明含油量性状变异主要受基因型控制,且遗传比较稳定。(2)连锁不平衡：通过计算染色体上两两标记间的r2值,结果表明LD水平在AC基因组中均随着遗传距离的增加而快速的衰减。当r2衰减阈值设为0.2时,A基因组的衰减距离约为1.6cM,C基因组的衰减距离为1.9cM。(3)含油量性状的全基因组关联分析：通过比较Q模型、K模型、Q+K模型下的分析结果,发现Q+K模型能很好的控制由群体结构对结果造成的假阳性。在Q+K模型下,共检测到7个与含油量性状显著关联的标记位点,分别位于A1、A3、C1染色体上。七个标记的性状变异解释率范围为0.1126(mk676).0.1791(mk10434).这些标记与甘蓝型油菜含油量存在稳定可靠的关联。