农业是国民经济的基础。无论是借鉴发达国家的经验,还是从中国农业发展自身的历史过程来看,农业问题的解决都必须依赖于农业科学技术。在建设创新型国家、中央大力支持农业发展和西部大开发的背景下,研究全国农业大省——四川的农业自主创新能力,从战略高度寻求提高四川省农业自主创新效率的路径,为切实促进四川区域农业自主创新能力提供理论指导和对策建议,对加快四川现代农业发展,增强四川农业在西部乃至全国的竞争力,具有较强的理论与现实意义。本文以农业自主创新等理论为指导,采用规范研究与实证研究相结合、动态研究与静态研究相结合、定性分析与定量分析相结合的方法,在对国内外研究进行综述的基础上,对农业自主创新的机理及2001～2007年四川省农业科技活动机构的科技投入产出概况进行了分析,运用数据包络分析法(DEA),分别从总体和不同行业两方面对四川省农业自主创新能力进行实证研究。通过研究,得出以下基本结论:(1)虽然四川省农业自主创新资源投入和创新产出逐年增加,但还存在着基础研究投入严重不足,这严重制约了四川省农业自主创新的水平;四川省农业科研投入的配置状态和水平是不均衡的,农业科研项目研究处于小团体,分散化状态,团队性较弱,致使科研人员和资金的分散,削弱了人力投入和财力投入的水平;农业产业化经营规模还有待进一步提高等问题;(2)从总体来看,四川省农业自主创新TFP的增长表现出增长的缓慢性和较大的波动性。其中又以波动性表现最为明显。说明农业生产率的增长机制存在着很大的不稳定性。从上述波动趋势与四川省当前的政策和经济环境的关系可以看出,四川省农业自主创新对政府政策具有很强的依附性,政府农业政策的优劣直接对农业自主创新产生正面或负面的冲击;(3)近年来四川省种植业和林业的自主创新在人力、财力和物力方面存在资源配制不合理现象;(4)近年来四川省畜牧业自主创新的技术效率均为有效,说明近年来四川省畜牧业自主创新的各种投入要素都得到了充分利用。最后,论文根据实证的结果,剖析四川省农业自主创新中存在的四个主要问题,并提出相应的对策建议。