随着经济全球化和我国“引进来走出去”经济的纵深发展,跨国资本流动越来越频繁,中国作为发展中大国,拥有大量境外投资,所以跨国资本流动涉及我国的资本日益增加,而以股权转让进行跨国资本流动和企业重组的情况已经屡见不鲜,由此引发的非居民企业股权转让的税务争议也越来越多。非居民企业股权转让中容易产生争议的交易方式是间接股权转让。非居民企业间接股权转让容易利用境外避税地进行我国纳税义务的规避,但是也并非所有的间接股权转让都是避税行为。我国相关税务规制不够完善,税务执法不够规范,导致我国对该类交易的反避税实施存在很多问题和争议,发生的行政复议和行政诉讼也越来越多,涉及的金额也非常巨大,并且案件一旦发生争议,企业进行救济以及税务机关进行辨明的时间都非常久,三五年是常有的情况,所以对税企双方来说,这都是一个耗时耗力耗钱的事情。本文从解决税务争议,减少成本的目的出发,对非居民企业间接股权转让产生争议的原因,从理论、法律政策、实际案例方面进行研究,并说明争议体现的问题,最后提出完善相关法律政策制度、加强我国税务信息和征管建设、强化企业税务风险管理能力的三方面建议。本文分为五个部分。第一部分包括研究背景意义、相关论题的文献研究现状和评述,研究思路及方法,笔者发现目前非居民企业间接股权转让的研究主要从反避税的角度出发,对反避税的政策制度研究有很多,所以本文从交易的争议出发,站在第三方的角度研究我国非居民企业间接股权转让的争议点、原因、影响,并试图寻求解决争议的办法。第二部分对非居民企业间接股权转让的基本概念和理论进行了阐释,包括避税动因模式、反避税原理,从理论方面探求双方的争议起源。第三部分在阐释国外相关的反避税经验的基础上,梳理了我国相关税务政策,对一般反避税条款和实践中发展起来的特别税务文件(698号文、7号公告、37号公告、72号公告)进行了内容总结、政策评述,探寻到争议的政策制度原因。第四部分在前两部分的基础上,总结到4个争议点——对征税权的争议、合理商业目的的争议、适用特殊性重组的税务争议、税务管理中的争议,并且结合实际案例对争议点加以分析,找到争议体现的现实问题。第五部分是对文章的总结和建议,在前文的基础上,笔者认为应对非居民企业间接转让股权的税务争议,需优化相关税收法律制度、增强法的适用性和稳定性,推进我国税务信息和征管建设;加强企业股权交易的税务风险管理。