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黄毛草莓(Fragaria nilgerrensis Schltdl)隶属于蔷薇科(Rosaceae)草莓属(Fragaria L.),是西南地区重要的野生草莓资源,是栽培草莓遗传改良的重要来源。本研究采集了中国西南地区16个居群169个个体的野生黄毛草莓资源,利用EST-SSR分子标记技术,从DNA水平上深入探讨其遗传结构和遗传多样性,为野生黄毛草莓资源的有效利用和保护提供重要的理论依据,同时为拓宽栽培草莓的遗传基础提供参考。主要研究结果如下:1.黄毛草莓EST-SSR引物开发。通过对总计序列长度为64777606 bp,共计82537条UniGene序列进行筛选,共检测出了 11722个SSR位点,分布在9785条UniGene中,平均每5526bp出现一个SSR位点。单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸是黄毛草莓主要的SSR重复类型,分别占44.3%、32.3%和22.4%;四至六核苷酸占比均不足1%。A/T、AG/CT、AAG/CCT是黄毛草莓SSR的优势基序,分别占比43.6%、23.8%、7.8%。合成的125对引物中,有38对引物能扩增出清晰的条带,扩增效率为30.4%,其中有21对引物具有较好的多态性和重复性,占引物设计合成总数的16.8%。2.黄毛草莓遗传多样性分析。在基因位点水平上的遗传多样性参数:平均等位基因数(Na)为4.4375,平均有效等位基因数(Ne)为1.8973,平均观测杂合度(Ho)为0.4174,平均期望杂合度(He)为0.1904,香浓信息指数(I)为0.7905,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.4006,多态信息含量(PIC)为0.4124。在群体水平上的遗传多样性参数:平均等位基因数(Na)为1.9766,平均有效等位基因数(Ne)为1.5234,平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)的值分别为0.2057,0.2748,香浓信息指数(I)为0.4225,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.2573,平均多态位点为10.3125个,占比64.45%。以上结果表明所研究的16个黄毛草莓居群拥有丰富的遗传多样性,在物种水平上有较为显著的遗传变异。3.黄毛草莓居群遗传结构分析。在基因位点水平上得到的平均F-统计量Fis为0.2049,Fit为0.4335,Fst为0.3687,Nm为0.4315;在居群水平上得到平均Fst值为0.33397;通过AMOVA分析结果得到黄毛草莓居群内和居群间的遗传变异分别为65.96%和34.01%,结果均表明16个黄毛草莓居群发生了显著的遗传分化。系统发育树、PCA聚类和Mantel检验结果均表示16个黄毛草莓居群的遗传距离与地理距离之间没有显著正相关。Structure结果得到16个居群被分为两个祖先类群,并且两个类群之间存在基因渗透,其中LS居群的遗传背景最复杂。