随着科学技术的飞速发展,学科的不断细化为学科之间的交叉融合提供了基础。跨学科研究逐步成为解决人类重大科学问题的方法和途径。作为跨学科研究的组织载体——跨学科团队,在高校日益发展壮大。国内外很多学者从不同角度对跨学科科研组织进行了研究,然而,在跨学科组织结构方面,学者们更多的是从高校整体的组织结构对跨学科团队组织结构的特点进行概述,单独探讨跨学科团队组织结构的文献较少。本文试着从影响哈尔滨工程大学跨学科团队发展的组织结构因素对其进行分析,目的在于解决哈尔滨工程大学发展中跨学科团队在组织结构上存在的问题,对其进行优化；同时希望为国内在跨学科团队组织结构理论研究方面提供实践素材,也为其他高校跨学科团队发展给予启示和帮助。本文在跨学科理论和高校组织结构理论的基础之上,根据跨学科组织结构的特点,通过访谈和调查问卷的方式搜集哈尔滨工程大学跨学科团队的资料,对影响哈尔滨工程大学跨学科团队组织结构的因素进行归纳和分析,采用层次分析法、德尔菲法和理论分析等方法,建立跨学科团队组织结构优化评价指标体系,对评价指标权重进行了科学的量化分析。并且列举了哈尔滨工程大学某一跨学科团队进行实证分析,通过专家打分的方式确定该跨学科团队在哪些方面仍有欠缺,需要进一步优化改进。最后针对哈尔滨工程大学跨学科团队组织结构优化评价体系的各层指标提出了科学合理的优化对策,希望对哈尔滨工程大学正在建设中的跨学科团队给予参考和帮助。