循环肿瘤DNA在苏州地区人群胃癌中应用的初步研究

来源 :苏州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ZHAO289868538ZHAO
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目的:应用高通量测序技术对苏州地区胃癌患者血浆循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)进行测序,初步筛选出与胃癌相关的ctDNA突变,研究其与胃癌临床病理特征的相关性。方法:收集2018年4月至2019年5月期间在苏州大学附属第一医院就诊收治的胃癌患者180例,剔除18例未检测幽门螺旋杆菌抗体、2例高级别上皮内瘤变、2例拒绝手术,最后纳入158例患者,对入组患者收集临床病理特征信息。采用DNeasy Blood&Tissue试剂盒提取血浆ctDNA,KAPA Hyper prep试剂盒进行文库制备,设计基于定制杂交捕获的靶向测序检测方法(包括66种常见肿瘤的突变基因),在Illumina CN500平台上进行高通量测序。用BWA软件将序列与参考人类基因组(hg19)比对。结果通过千人组数据库和dbSNP数据库进行过滤,过滤后得到ctDNA突变结果。通过上海凯创公司的尿素酶抗体试剂盒检测幽门螺旋杆菌抗体。结果:(1)158例患者中男性115例,女性43例,发病年龄28岁~87岁。158例患者中90例有吸烟史,90例有饮酒史,34例有消化道肿瘤家族史。158例患者中Hp抗体阳性63例。158例患者中分化型腺癌33例,未分化型腺癌114例,未报告病理类型11例。T1-3期99例,T4期50例,Tx期9例;N0期56例,N1-3期85例,Nx期17例;M0期136例,M1期22例,远处转移最多见为腹腔广泛转移(9例),其次为肝转移(7例)。Ⅰ期39例,Ⅱ期33例,Ⅲ期64例,Ⅳ期22例。早期胃癌34例,进展期胃癌124例。158例患者中56例位于贲门胃底,34例位于胃体,61例位于胃窦,7例无法定位。158例患者中最长径≥20mm有120例,<20mm有20例,18例无法评估肿瘤大小。(2)158例患者共123例检测出突变,共检测出33种ctDNA,分别为:TP53、ERBB2、KIT、EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA、ALK、FGFR2、NRAS、PDGFRA、MET、MYCN、ABL1、FGFR1、ROS1、APC、MYC、NF1、PTEN、BRCA2、FGFR3、KDR、RET、RICTOR、SMO、BRCA1、ARID1A、CTNNB1、CYP3A4、HOOK3、MAP2K1、XRCC1。其中突变频率最高的5个ctNDA分别为:TP53(70/158)、ERBB2(16/158)、KIT(16/158)、EGFR(15/158)和 KRAS(15/158),并首次在胃癌中检测出HOOK3突变。(3)检测出突变的T4期患者共45例,占全部T4期患者的90%(45/50),其中突变频率最高的 5 个 ctDNA 分别为:TP53(25/45)、EGFR(7/45)、KIT(7/45)、ERBB2(6/45)、KRAS(4/45)。检测出突变的M1期患者共19例,占全部M1期患者的86.36%(19/22),其中突变频率最高的5个ctDNA分别为:TP53(7/19)、FGFR2(4/19)、KIT(4/19)、KRAS(4/19)、BRAF(3/19)。检测出突变的 Ⅲ-Ⅳ 期患者共70例,占全部Ⅲ-Ⅳ期患者的81.40%(70/86),其中突变频率最高的5个ctDNA分别为:TP53(37/70)、KIT(12/70)、ERBB2(10/70)、EGFR(9/89)、KRAS(8/70)。检测出突变的Hp抗体阳性患者共46例,占全部Hp抗体阳性患者的73.02%(46/63),其中突变频率最高的 5 个 ctDNA 分别为:TP53(23/46)、BRAF(6/46)、KRAS(6/46)、ERBB2(5/46)、KIT(5/46)。检测出突变的男性患者共89例,占全部男性患者的77.39%(89/115),其中突变频率最高的5个ctDNA分别为:TP53(53/89)、ERBB2(14/89)、KIT(11/89)、KRAS(11/89)、EGFR(9/89)。检测出突变的有吸烟史患者共70例,占全部有吸烟史患者的77.78%(70/90),其中突变频率最高的5个ctDNA 分别为:TP53(41/70)、ERBB2(9/70)、KIT(9/70)、KRAS(9/70)、PIK3CA(7/70)。检测出突变的饮酒史患者共69例,占全部有饮酒史患者76.67%(69/90),其中突变频率最高的5个ctDNA分别为:TP53(42/69)、ERBB2(9/69)、KIT(9/69)、KRAS(9/69)、PIK3CA(7/69)。(4)性别、年龄、吸烟史、饮酒史、幽门螺旋杆菌抗体、家族史、淋巴结转移、远处转移、分期、进展情况、分化程度、Ki-67表达、肿瘤部位、肿瘤大小与总突变情况进行卡方检验,结果未见统计学意义(P>0.05),而比较浸润深度与总突变情况后发现,相比于T1-3期患者,T4期胃癌患者更易出现ctDNA突变(χ2=7.021,P=0.008<0.05)。浸润深度达到T4期是胃癌患者发生突变的独立危险因素(OR=4.143,95%CI:1.348~12.73,P=0.013<0.05)。(5)性别、年龄、吸烟史、饮酒史、幽门螺旋杆菌抗体、家族史、浸润深度、淋巴结转移、远处转移、分期、进展情况、分化程度、Ki-67表达、肿瘤部位、肿瘤大小与TP53突变情况进行卡方检验,结果均未见统计学意义(P>0.05)。结论:本研究初步探究了苏州地区胃癌患者ctDNA突变谱特征。TP53、ERBB2、KIT、EGFR和KRAS是苏州地区胃癌患者突变频率较高的ctDNA。浸润深度与胃癌患者发生ctDNA突变相关,浸润深度达到T4期是胃癌患者发生ctDNA突变的独立危险因素。
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