目前，中小企业面临融资难问题。发展担保公司是解决上述问题的重要途径。为有效提升担保公司整体运行效率，有必要探索效率影响因素的作用方向﹑程度和路径。文章立足于公司运行效率，以北京市有准入资格的担保公司为样本，分别从内部治理、业务、风险控制以及收入效益四方面阐述现状和问题。在此基础上，运用DEA模型计算样本效率，揭示担保公司运行效率低的现状和原因。以骆驼评级法为基础，选定变量，进行回归分析。检验出回归的异方差性和线性相关性，采取加权最小二乘等方法加以剔除，得到回归结果：首先，担保费率、放大倍数、所有权和主营业务利润占比等是提高投入产出效率的积极因素。其次，资产流动性和担保客户数的增加分别提高纯技术和规模效率；而代偿的出现伴随规模效率增加。最后，跨区经营降低规模和综合技术效率；分支机构数增加则降低纯技术效率。DEA超效率的影响因素呈现出与DEA投入产出效率的若干不同之处：首先，与投入产出效率不同，员工学历高低、拨备有无、留存收益和实收资本的多少均影响担保公司超效率。其次，与投入产出效率结果相反，担保费率、放大倍数和担保客户数的增加降低超效率。最后，与投入产出效率相似，国有担保公司的DEA超效率明显高于民营公司。结合上述结论，提出政策建议。