2002年新型农村合作医疗开始在全国范围内试点实施，至今已五余年;预计2010年实现新农合基本覆盖所有农村居民，距今所剩不到两年。在新农合快速发展、全面推广的过程中，尤其是新农合制度安排的重点已开始从扩大覆盖面向提高补偿水平方向转变的过程中，需要对此制度保持全面的审视和深度的反思。　　北京新型农村合作医疗制度的发展比较有代表性，尤其可以作为经济发展较快地区的典型。因此，本文以北京市新型农村合作医疗为例，介绍其制度安排，分析其实施情况，反思其存在的问题。　　首先，本文以实证数据为依据，通过数据分析、比较等方法，剖析北京市新型农村合作医疗制度安排。相关数据来自三个渠道:一是实地调查数据。2007年7月至8月，笔者对具有代表性的丰台、海淀、密云、顺义和大兴5个区县进行了实地调研，获悉了以上五个区（县）的新农合运行具体情况。二是会议上报数据。笔者在2007年7月下旬参加了一个北京市新型农村合作医疗运行情况座谈会，从中得到了北京市13个区（县）新型农村合作医疗制度的综合情况。三是公开发表的文献中的数据。　　其次，本文从保障方式、筹资机制、补偿方案、管理机制四个方面介绍了北京新农合制度安排。北京市新农合是以区县一级统筹为主的，农民个人（以家庭为单位）、村集体、乡镇级财政、区县及财政和市级财政多方筹资的，补偿以大病补偿为主的，由区县卫生局管理和经办的农村居民主要医疗保障制度。　　再次，本文分析了北京新农合实施现状及问题。农民参合率逐年提高，至今超过九成，各区县在筹资和补偿方案上存在明显的差异性，农民就医意向还是不是倾向于基层医疗机构，新农合管理机制上存在管理定位不清的问题。　　最后，本文提出了三点相关建议，强化政府财政出资为主的筹资格局;完善新农合配套措施，健全农村三级医疗卫生体系;逐步理顺新农合管理体制，加强监管力度。　　本文的创新之处在于采用实证的分析方法，通过分析政策梳理了北京市新型农村合作医疗的制度安排和发展进程，通过分析数据展现了北京新农合的实施现状与存在的问题，并在此基础上提出了具有针对性的建议。