办学经费是高等教育发展必不可少的条件,其中财政拨款是我国公立高校重要的收入来源。在高校获得的财政拨款中,教育经费拨款一般占据了主要部分,并对高等学校的发展产生着重要影响。我国地方政府一般以专项资金的形式拨付给部属高校教育经费,并用于部属高校高等教育事业建设,这些资金对于部属高校的发展有着重要作用。文章在论证地方政府投资部属高校必要性的基础上,梳理了地方政府投资我国部属高校的发展历程。其次,本文从数据出发,量化分析了地方政府对部属高校教育经费拨款在时间、区域以及院校之间的差异。再次,对地方政府对部属高校教育经费拨款的差异进行了原因分析,并根据原因为我国高等教育的协调发展提出了建议。通过研究发现,全国各地政府对部属高校的教育经费拨款存在着明显的差异:时间上,地方政府对部属高校的教育经费拨款具有不稳定性,存在着“协议年”现象,并且呈现出较为明显的“国家政策推动型”特征。区域上,东部地区的地方政府对部属高校的财政拨款要明显高于中西部地区;在“协议年”以及国家高等教育建设政策调整的年份,区域之间的教育经费拨款差距会明显增大;东部地区内部之间的绝对差异要高于中西部地区;北京地区部属高校获得的地方教育经费拨款额度要低于东部其他地区。院校之间,“985工程”高校获得的地方政府教育经费拨款要显著高于“211工程”高校;地方政府对区域内部属高校教育经费拨款存在“区域首位”现象;在“211工程”高校中理工科高校获得的教育经费拨款高于人文社科类高校。国家政策、地方政府之间的竞争、区域经济发展水平的差距以及部属高校布局等都是造成地方政府对部属高校教育经费拨款存在差异的重要因素。中央政府应该继续扩大我国高等教育管理体制改革的成果,健全部属高校与地方政府联系的新机制,同时加大财政转移支付力度来促进区域高等教育协调发展。