牛带绦虫(Taenia saginata)和亚洲带绦虫(Taenia asiatica)是具重要医学和经济意义的人畜共患寄生虫。两种虫体外部形态非常相似,亲缘关系一度有较大争议。由于缺乏基础研究,关于它们的物种进化、生长发育调控、寄生适应性、宿主互作、免疫逃避等相关机制了解甚少,预防控制和治疗手段等发展缓慢。本研究对两物种的基因组和转录组进行了测序,完成了全基因组草图绘制及注释;全面比较分析了两者基因组特征,鉴定了潜在药物靶标和分泌蛋白;探讨了绦虫的系统发育基因组分析及策略,并对牛带绦虫和亚洲带绦虫的适应性进化进行了研究。另外,在绦虫基因组中首次发现了胰岛样多肽(Inuslin-like peptide,ILP)编码基因,并研究了其下游信号通路。结果如下:1.完成了两种绦虫的基因组测序、拼接和评估工作,测序深度约95X,基因组大小约为170 Mb(Megabase,Mb);Scanfold N50分别约为586 kb(kilobase,kb)和342 kb。2.完成了两种绦虫基因组重复序列、编码基因、非编码基因等注释工作;对基因功能、基因本体论(Gene Ontology,GO)、信号通路等进行了注释;发现了小内含子分布的“双峰结构”和GC含量偏好。3.完成了牛带绦虫囊尾蚴胆汁激活前后和亚洲带绦虫成虫时期转录组图谱,构建了编码基因的转录本、可变剪接及表达量数据。4.比较基因组学分析发现,牛带绦虫和亚洲带绦虫基因组具有高共线性、低序列分歧、相似的家族进化等特征,从基因组层面反应了两物种的亲缘关系;并发现了与两种绦虫适应性相关的家族进化。5.鉴定并分析了两绦虫的G蛋白偶联受体、蛋白酶、蛋白激酶和离子通道等可能的药物靶标序列,并与已知的药物靶标库进行了比较;鉴定了分泌蛋白序列,分析了其潜在的功能。6.系统发育基因组学分析确认了牛带绦虫、亚洲带绦虫和猪带绦虫及其他扁形动物间的亲缘关系;提出一种基于进化距离矩阵相关性的带属绦虫系统发育关系分析策略,以降低单基因系统发育分析的随机误差,此策略可应用到病毒分型等流行病学分析。7.分析了牛带绦虫和亚洲带绦虫谱系枝上受正选择压力基因,发现了众多由于宿主变化而产生的适应性进化特征;发现了与亚洲带绦虫宿主漂移和组织嗜性相关的适应性进化基因。8.首次从绦虫基因组中鉴定到ILP编码序列,否定了认为绦虫内源性ILP基因缺失,利用宿主胰岛素信号来调节自身生长发育的假设;证实寄生扁形动物ILP基因具有典型胰岛素家族特征和保守的基因结构;m RNA表达水平和蛋白免疫组化分析表明,绦虫ILP主要在成熟节片卵巢部位表达,很可能跟生殖相关。