高校体育社团是学生参加课外体育锻炼,培养体育兴趣的主要组织。高校体育社团不仅可以促进学生的健康,而且可以丰富学生业余文化生活,更是学生进行人际交往的重要组织。本研究采用文献资料法、问卷调查法、数理统计法、比较研究法等研究方法,以高校学生体育社团为研究对象,对闽台两地高校体育社团运行现状做了初步对比分析。在对高校体育社团理论分析的基础上,以闽江学院和台湾实践大学学生体育社团为为例,分析了闽台两地高校学生体育社团运行中存在的问题。研究结果表明：台湾高校学生体育社团在社团项目类型上种类较多,国外体育项目社团较多,章程设置和组织管理上民主性突出,经费来源相对多元化,纳新方式具有一定的创新性,重视对场地费用的投入(包场场地设施)并重视对外交流,整个社团运行情况有利于社团的发展。福建省高校学生体育社团的类型尚缺乏新颖性,社团的章程不够完善,社团的组织管理缺乏民主性,经费缺乏、来源单一,社团的纳新方式缺乏一定的吸引力,场地器材缺乏得不到保障,制约活动的开展,社团的宣传力度不够,社团缺乏对外交流。在比较闽台两地高校体育社团运行现状的基础上,提出如何进一步完善福建省高校学生体育社团的建议：引入新的项目社团、创新传统社团类型；完善社团章程,加强社团管理的民主性建设,创新纳新方式,并丰富社团活动方式,加强对社团的宣传以及对外社团的交流,争取学校对社团的支持,进而完善社团的运行等。